柯南所在的班里來了一位新老師名叫若狹留美，若狹老師想在體育課前用石灰畫線，卻發(fā)現(xiàn)石灰已經(jīng)用完了。柯南告訴若狹老師舊倉庫里可能有石灰，元太和光彥開玩笑說舊倉庫有幽靈出沒，若狹老師感到很害怕，便拜托少年偵探團一同前往舊倉庫。在尋找石灰的過程中，柯南發(fā)現(xiàn)一扇通往地下的門，眾人合力打開門后，卻驚人地發(fā)現(xiàn)了一具骸骨……

在幫純子小姐調(diào)查入室偷竊的時候小五郎和柯南遇到了一起命案，死者是純子小姐的鄰居北上先生，初步判斷為酗酒墜樓，但在高木警官調(diào)查附近鄰居時柯南看出了端倪。所調(diào)查的房間里柯南看到了幾處線索，這些都可以說明北上并非意外墜亡，但是柯南還是沒有找到關鍵的證據(jù)，小五郎在電梯里整理儀容時柯南突然明白了什么。

少年偵探團的理科自由研究作業(yè)是拍攝鎮(zhèn)子的全景照片，為此阿笠博士帶他們來到云丸山露營，在山中小屋他們遇到了正在爭吵的四人，而三年前意外去世的元木是他們爭吵的焦點。爭吵過后岳美負氣離開睡在了懸崖底下，半夜的時候榮子等人為三年前因意外去世的元木默哀，正好醒來的柯南見證了這一幕，但在第二天元太卻發(fā)現(xiàn)山下的岳美小姐倒在了血泊中。

唐三放心不下父親唐昊，知道他是因為思念死去的妻子三妹才日日借酒澆愁，唐昊借口回來拿那根針，和唐昊依依惜別，唐昊答應以后不再喝酒，對唐三千叮嚀萬囑咐，唐三發(fā)誓要做最厲害的魂師，希望學成歸來唐昊能把母親的事全部告訴他。村長帶著唐三很快來到諾丁魂師學苑，自稱大師的玉小剛在門口悠然自得看書，他檢驗了唐三的武魂就放行，學員柳龍卻攔住了唐三，對他冷嘲熱諷一番，逼他拿出推薦信，唐三沒有推薦信，素云濤事先給了他一塊武魂殿的推薦令，讓他直接來學苑當附課生，而且學費和食宿全免，柳龍對唐三出言不遜，要把村長趕走。蕭塵宇及時趕來為唐三解圍，他是諾丁城城主的兒子，是唐三的同門，熱情歡迎他入學，還幫他安排好宿舍，村長才放心離開了。蕭塵宇聽說唐三是武魂殿推薦的，斷定他的武魂是很特別的，唐三承認是藍銀草，柳龍對這個廢武魂嗤之以鼻，唐三自詡天生滿武魂，蕭塵宇和柳龍立刻驚呆了，斗羅大陸上很少有人擁有天生滿武魂。玉小剛立刻追上唐三，根據(jù)他的研究推測唐三應該不止一個武魂，所以他苦苦追問唐三的另一個武魂，唐三想起父親的囑托，他找各種借口掩飾，玉小剛知道他在說謊，也沒有多問，就帶他去辦入學禮，還簡單介紹了學苑的情況，玉小剛讓唐三

死者被殺時手里握著剪刀，尸體的傷口處還粘滿了蜂蜜，不僅如此，案發(fā)現(xiàn)場的水龍頭還一直開著，柯南和昴確定兇手就是零食店的仙波先生，但他們還一時半會兒找不到兇器。在詢問了保鏢后柯南有了一些線索，阿笠博士在院子里看到的成群螞蟻也為他們提供了幫助，兇手到底是運用了什么手法來作案的呢？