柯南醒來后發現自己身在一個狹小黑暗的空間里，眼睛漸漸習慣后他才發現自己被困在了棺材里，能聽到風聲這一點證明他還沒被埋起來，暈倒前的一幕幕也漸漸想了起來。毛利小五郎最近接到了一起案子，律師事務所保險柜被撬，存放在里面的遺囑不見了，這是過世的塘橋集團會長的遺囑，這件事與柯南的遭遇是否有聯系呢？

不分晝夜騎著巨大摩托車四處游蕩的天城達也遇害，生前給周圍居民帶來不小困擾的他遭到了人們的冷漠對待，大家都很慶幸有人殺了他。應當擔任與天城達也溝通協商的居委會會長番藤彥一死在了自己的家中，雖然現場布置成了自殺的模樣，但柯南和小五郎還是看出了端倪，這一點被咖啡廳的老板金滿豐子證實，她提出昨晚番藤根本就不會與天城見面。

少年偵探團的理科自由研究作業是拍攝鎮子的全景照片，為此阿笠博士帶他們來到云丸山露營，在山中小屋他們遇到了正在爭吵的四人，而三年前意外去世的元木是他們爭吵的焦點。爭吵過后岳美負氣離開睡在了懸崖底下，半夜的時候榮子等人為三年前因意外去世的元木默哀，正好醒來的柯南見證了這一幕，但在第二天元太卻發現山下的岳美小姐倒在了血泊中。

受宿里村村長之邀，柯南和平次等人共同前往宿里村尋寶。到達旅店后，通過與其他幾位考古學家和歷史學家交談，他們得知在寶藏的埋藏之處曾發生過塌方事故，其中一位外國挖掘隊員在彌留之際寫下了意為“鵺”的字條，而鵺正是傳說中極為兇猛的怪獸。飯后當眾人準備回房休息，平次卻突然發現門前失火，眾人在火中看到了體型巨大的怪獸。為了一探究竟的柯南和平次在追蹤怪獸的過程中，卻發現了倒在血泊中已經喪命的歷史學家。

"圣魂村地處偏僻，山路崎嶇，村里人煙稀少，很少與外界接觸。在竹林深處的小木屋里，爐膛里的小火苗燒得正旺，盡管外面下著鵝毛大雪，可是小木屋里卻溫暖如春，少年唐三睡得正酣，他又一次夢到自己來到一個魔幻世界，地上種滿了藍銀草，遠處傳來一個女人溫柔的喊聲，她喊著唐三的名字，答應會一直等他，唐三被夢嚇醒，他覺得那溫柔的聲音是母親的。唐三冒著大雪出去劈柴，把爐膛的火加到更旺，他準備好飯菜給父親唐昊送來，發現他又醉得不省人事，自從妻子三妹難產死后，唐昊就因傷心過度開始酗酒，唐三很小就看到父親這樣，他早已經司空見慣，把父親扶到床上睡下。天剛蒙蒙亮，唐三就像平常一樣拿著那本“玄天寶錄”來到森林深處修煉絕技，這門絕技必須在清晨紫氣東來的時候修煉，唐三一心想練到玄天功第九重，可是過了第一重就遇到了瓶頸，他始終無法沖破。唐三聚精會神練功后，返程路上看到倒地的車子，聽到旁邊傳來奇怪的聲響，唐三扒開草叢，發現人面魔蛛只得慌忙逃跑，逃跑途中擺脫不了只能用他的暗器刺瞎人面魔蛛的眼睛。可這刺激人面魔蛛來尋仇，唐三拼命反抗，人面魔蛛對他步步緊逼，招招致命，唐三嚇得落荒而逃，魔蛛對他窮追不舍，唐三腳下一滑摔倒在地，他嚇得緊