小五郎在樓下喝咖啡時(shí)，看服務(wù)員祥子心事重重的樣子，詢(xún)問(wèn)得知，一個(gè)一直給她發(fā)MAIL的小男孩小滿(mǎn)，今天突然給她發(fā)了四封奇怪的訊息，想到小滿(mǎn)可能遇到危險(xiǎn)，大家都十分擔(dān)心，可當(dāng)務(wù)之急是確定小滿(mǎn)的位置，根據(jù)祥子提供的線(xiàn)索，柯南把目標(biāo)鎖定在中洗、久更津和枯前崎三個(gè)地方，但打電話(huà)過(guò)去詢(xún)問(wèn)卻并未查到他們的蹤跡，小滿(mǎn)到底出了什么事情？

大家找到校長(zhǎng)詢(xún)問(wèn)他下雨的時(shí)候是否出現(xiàn)在操場(chǎng)，沒(méi)想到卻得到了否定的回答，為了證實(shí)校長(zhǎng)的說(shuō)法，柯南又來(lái)找了在保健室休息的世古國(guó)繁，因?yàn)樗c保坂從小一起長(zhǎng)大，所以又了解了更多關(guān)于保坂的事情，這時(shí)，小蘭在走廊的木板上發(fā)現(xiàn)污漬，柯南將這些污漬與操場(chǎng)上出現(xiàn)的刮痕相聯(lián)系，沒(méi)錯(cuò)，制造靈異事件的就是那個(gè)人!

在案件調(diào)查過(guò)程中小蘭對(duì)柯南的身份起疑，于是，她緊盯柯南的一舉一動(dòng)，就在她向新一的手機(jī)發(fā)送信息想要證實(shí)自己的想法時(shí)，狩谷家的門(mén)鈴再次響起，可門(mén)口卻沒(méi)有人，仆人說(shuō)這種惡作劇時(shí)常發(fā)生。之后，警方又對(duì)家中的三個(gè)嫌疑人進(jìn)行偵訊，并在柯南的引導(dǎo)下推理出了事情的真相，沒(méi)想到兇手竟然與12年前的案件有關(guān)聯(lián)。

水中逃脫魔術(shù)失敗的冬城在水槽內(nèi)明顯是筋疲力盡而小五郎，柯南，目暮警長(zhǎng)等人則在錄像中確認(rèn)了當(dāng)時(shí)的情況。冬城的死因確定是溺死，但到底這是事故，還是誰(shuí)事先策劃的謀殺卻不得而知，這時(shí)小五郎卻發(fā)表了自己的推理，但很快被推翻。而在調(diào)查了現(xiàn)場(chǎng)之后柯南最終確定了犯人的身份，“沉睡的小五郎”也最終在眾人面前揭露了犯人的真面目。

放學(xué)后，小蘭在鞋柜里發(fā)現(xiàn)了一封情書(shū)，正當(dāng)她為此而煩惱時(shí)，遇到了曾在帝丹高中上學(xué)的學(xué)姐，她說(shuō)家里遭到了不明人士的入侵，可奇怪的是小偷不僅沒(méi)偷錢(qián)，反而還給她死去的丈夫上了一炷香，并且自己的日記也有被人查看過(guò)的跡象，期間學(xué)姐還談起了高中時(shí)期被自己拒絕過(guò)的男生，看過(guò)照片后，小蘭說(shuō)她今天見(jiàn)過(guò)這個(gè)男生，之后，園子將整個(gè)事件的來(lái)龍去脈推理出來(lái)，這時(shí)，學(xué)姐說(shuō)她還有一件事瞞著大家……