當(dāng)晚，這名潛入醫(yī)院的黑暗組織同伙南田陸道果然展開了行動，但同時FBI也暴露了行動，南田陸道在驅(qū)車逃跑的過程中舉槍自盡，雖然柯南破壞了他的手機(jī)但他還是通過其他手段將搜集來的信息傳給了組織。既然事情發(fā)展到這種地步，轉(zhuǎn)院無疑就是在向黑暗組織昭示水無憐奈就在這里，所以只能另想對策。另一方面，英祐伺機(jī)潛入了水無憐奈的病房，并發(fā)現(xiàn)她早已從昏迷中蘇醒。

兇器是房間工具箱里的錘頭，并且柯南還發(fā)現(xiàn)每個人的房間都有薰衣草和工具箱，到底是誰做出這種安排？又是出于什么目的呢？既然是無人島，那么兇手一定就是這棟房子中的一人，之后柯南他們又對供電的小房子進(jìn)行了調(diào)查，然而根據(jù)所找的線索，柯南，服部和白馬探每個人鎖定的嫌犯都不相同，即便如真相也只有一個！

本堂瑛佑再次造訪毛利事務(wù)所，就在大家聚在一起討論許久未露面的歌手板垣時，來了一對父子，孩子說他曾在一座大橋上目擊到頭發(fā)像鋸子一般的板垣的尸體，還看到處理尸體的人身上有釘子紋身并且在他們的周圍還有錘子形狀的物體，小五郎認(rèn)為這不過是小孩子撒謊的把戲，然而本堂通過摸他脖子上的脈搏判斷真假，這一幕讓柯南想起的水無，不禁開始懷疑本堂。之后，為了找尋更多線索，大家決定尋找這個小目擊者所說的大橋。

和葉的風(fēng)車給了服部提示，同時柯南也知道了房屋血跡和尸體消失的手法，在否定小五郎異想天開的推測后，服部說出了真相并且指出在背后操作的人正是住持傳久的師父，然而他這么做的目的到底是什么？了結(jié)了升岳寺案件后，小五郎連夜驅(qū)車返回住處，次日，服部要去參加日賣電視臺在一座無人島舉辦的高中生推理大賽，柯南也隨他一同前往，沒想竟然在這里遇見了白馬探！

小五郎、柯南和小蘭去鐮倉看繡球花的時候遇見了一樁命案，死者是資產(chǎn)家矢口九衛(wèi)門，警方立刻聯(lián)系了死者的兒子祿郎、明彥和公夫，分別對他們進(jìn)行偵訊，發(fā)現(xiàn)每個人都有作案動機(jī)和嫌疑，但他們卻有不在場的證明。死者的三個兒子不但沒有為父親的死感到悲傷反而因為遺產(chǎn)分配問題爭吵不休，看透真相的柯南將小五郎麻醉道出老先生的死因以及一個父親的哀傷。