建太去撿球時(shí)透過(guò)窗戶發(fā)現(xiàn)了一個(gè)人身受重傷靠在沙發(fā)上，待大家發(fā)現(xiàn)后檢查傷者已經(jīng)死亡。柯南不認(rèn)為這是起意外事件，因?yàn)榭蛷d里還躺著另外一名死者。經(jīng)警察調(diào)查后得知受傷死者是房地產(chǎn)老板河合信藏，躺在地上的死者是河合以前的員工名叫柴田健介。柴田因挪用公款被河合開除，警察推測(cè)這可能是柴田的殺人動(dòng)機(jī)。事件發(fā)生時(shí)河合的妻子優(yōu)子正在家中二樓睡覺(jué)，沒(méi)有聽到樓下的打斗聲，這件事讓柯南起了疑心。

受宿里村村長(zhǎng)之邀，柯南和平次等人共同前往宿里村尋寶。到達(dá)旅店后，通過(guò)與其他幾位考古學(xué)家和歷史學(xué)家交談，他們得知在寶藏的埋藏之處曾發(fā)生過(guò)塌方事故，其中一位外國(guó)挖掘隊(duì)員在彌留之際寫下了意為“鵺”的字條，而鵺正是傳說(shuō)中極為兇猛的怪獸。飯后當(dāng)眾人準(zhǔn)備回房休息，平次卻突然發(fā)現(xiàn)門前失火，眾人在火中看到了體型巨大的怪獸。為了一探究竟的柯南和平次在追蹤怪獸的過(guò)程中，卻發(fā)現(xiàn)了倒在血泊中已經(jīng)喪命的歷史學(xué)家。

小五郎帶蘭和柯南來(lái)到東京附近的度假山莊放松，在那里遇到了同樣來(lái)休閑的女大學(xué)生三人組。小五郎伴著美景喝了許多酒，正當(dāng)他昏昏欲睡之時(shí)，河邊突然出現(xiàn)了異變。河水突然變紅，順?biāo)戮尤挥幸痪呤w飄了過(guò)來(lái)，小五郎立刻清醒跳河救人，等打撈上來(lái)后大家驚覺(jué)這居然是剛才的女大學(xué)生之一的秋葉夕子。

毛利小五郎受久須美工械廠社長(zhǎng)的委托，調(diào)查工廠零部件被偷的案件，為了不引起職員的警惕，柯南和小蘭也一同隨行假裝參觀。在對(duì)職員們暗中調(diào)查后，行為怪異的谷崎成為毛利小五郎的懷疑對(duì)象，三人計(jì)劃在倉(cāng)庫(kù)抓住罪犯的現(xiàn)行，不料卻發(fā)現(xiàn)谷崎死在了反鎖的房間里。正當(dāng)案件一籌莫展時(shí)，谷崎生前研究的老鼠機(jī)器人引起了柯南的注意。

柯南等人在壽司店用餐時(shí)，突然有一位女士沖進(jìn)來(lái)聲稱店里有人偷了自己的手包，手包內(nèi)有一張中了大獎(jiǎng)的萬(wàn)馬彩。據(jù)這位女士所說(shuō)，犯人的袖口上會(huì)留有自己手指上的血跡，然而經(jīng)過(guò)檢查，在座的客人們并沒(méi)有人袖口上沾到血跡。此時(shí)，毛利小五郎想到自己之前撿到一張中了大獎(jiǎng)的萬(wàn)馬彩，并且中獎(jiǎng)金額和這名女士丟失的相同，心中感到十分不安。