小五郎開車的時候幫助了車子出故障的堀田耕作，為表謝意，耕作留小五郎三人參加他的慶生聚會，期間耕作因兒女們的爭吵以及女兒文子的到來大發雷霆而離席，之后，他的房間發生大爆炸，柯南在現場發現了兒子良二送給耕作的威士忌盒子，本以為良二是兇手，沒想到他莫名失蹤，大家又將矛頭指向文子，可文子卻說自己雖恨父親，可兇手不是她，這時，柯南看到了室外的化肥……

柯南和小伙伴們在河里抓魚時，發現對面的樓頂有人在射擊河上的氣球，并看到狙擊手像是被人脅迫了一樣，待那些人離開之后，柯南和伙伴們在對面的樓頂找到了留有3135134162數字的計算器，之后柯南便對著這些數字苦思冥想，認為求救者留下的162就是指162國道，找到相應的路段后，警察布好埋伏，卻不見犯人身影，焦急等待的柯南突然意識到了暗號的真正含義。

柯南、小蘭和小五郎散步的時候，聽到附近大樓傳出女聲的尖叫，聞聲趕到的柯南等人發現不動產社長井本被殺，經過排查，犯人鎖定在了曾經賣漁具的寺沢、來借錢的土橋和協商離婚的妻子貴子三人身上，柯南發現了兇手的法案手法后，利用簡單的道具，提醒小五郎，最終犯人難逃法網。

柯南和伙伴們去美術館時撿到了一張畫有奇怪符號的紙，大家自行成立少年偵探團去調查這些暗號，按照符號的指示先到達東京塔，在周圍展開偵查卻一無所獲，休息的時候步美的新發現為柯南找到破解暗號的出口，大家一路尋找從東京鐵塔到南部水族館的標記，然而，事情并非那樣順利，柯南能破解暗號嗎？暗中跟蹤少年偵探團的黑衣人又是誰？

女性實業家兒島郁子在家中被殺，死的時候她身著睡衣臉敷面膜，在這個案件中有三名嫌疑人，TM證券營業所的警衛泉、死者的女兒千尋以及尸體發現者吉岡，他們都曾在死者生前與她見面，泉可以暫時排除嫌疑，因為案發時他正好碰見小五郎，可千尋卻說他有殺人動機，三名嫌疑人陷入了互相揭露動機之中，「兇手的指針」在他們三人徘徊，可真相只有一個。