利用步美找到的暗號(hào)解讀表，柯南本以為能順利解開暗號(hào)，不料卻遇到了瓶頸。正當(dāng)此時(shí)，若狹老師再次拜托少年偵探團(tuán)前往舊倉(cāng)庫(kù)尋找石灰。來到舊倉(cāng)庫(kù)的眾人發(fā)現(xiàn)倉(cāng)庫(kù)一片狼藉，在若狹老師不經(jīng)意的提示下，柯南終于解開了暗號(hào)的含義，并推測(cè)犯人將再次來到舊倉(cāng)庫(kù)。為了避免打草驚蛇，柯南設(shè)計(jì)誤導(dǎo)犯人，并在深夜與若狹老師等人再次來到舊倉(cāng)庫(kù)，柯南能否順利將犯人一網(wǎng)打盡？

外出露營(yíng)的少年偵探團(tuán)為了避雨來到了一棟別墅，別墅內(nèi)的男傭人告訴大家最近房間內(nèi)有幽靈出現(xiàn)。在交談中，柯南等人得知?jiǎng)e墅的女主人不久前剛剛?cè)ナ?，而男主人則認(rèn)為幽靈是女主人回到了家中。關(guān)于出現(xiàn)幽靈一事，女傭人似乎顯得十分不適，而男主人的侄子似乎行跡也有些奇怪?？履喜煊X到幽靈之事必有蹊蹺，決心與少年偵探團(tuán)一同查明真相。

柯南確信被警察盯上的千野并不是真正的犯人，而尸體的第一發(fā)現(xiàn)者福田先生和催促番藤與天城協(xié)商的江崎小姐都有殺人的機(jī)會(huì)，但在調(diào)查中柯南并沒有得到這方面的線索。案件的條理逐漸明確，犯人殺死天城和番藤的目的是為了陷害千野，想起千野偶爾擔(dān)任推理小說新人獎(jiǎng)的審查后另一條線索出現(xiàn)了。

7年前杯戶街上發(fā)生了一起搶劫殺人案，案件當(dāng)時(shí)只有一個(gè)目擊證人，那就是5歲的小女孩友里未央奈。7年后小五郎帶著蘭和柯南一起來到鳩笛莊度假，友里未央奈正是鳩笛莊女主人的女兒。來度假的客人井出正也無意間談起了7年前很熱門的特?cái)z劇彗星假面超人比恩，這讓友里未央奈陷入了恐慌之中，因?yàn)楫?dāng)年那起搶劫殺人案的犯人戴的就是假面超人比恩的面具。

周六早晨頓比町公園內(nèi)發(fā)現(xiàn)了命案，勒索恐嚇慣犯勝井優(yōu)死亡，逐一排查嫌疑人后廣瀨純子小姐主動(dòng)承認(rèn)了自己的罪行，但毛利小五郎卻因?yàn)榇耸聛淼搅司?。在案發(fā)當(dāng)天八點(diǎn)的時(shí)候毛利小五郎在米花町看到了廣瀨小姐，這一點(diǎn)讓廣瀨小姐有了不在場(chǎng)證明，但聽到毛利的陳述后廣瀨小姐卻非常驚訝，柯南得知后認(rèn)為此事并沒有那么簡(jiǎn)單。