為調查真相柯南、服部等人趕往犬伏家，大家從養女幸姬的口中聽說了犬伏家的祖先曾燒死狗的事情后，便一起前往祭奠這只狗的墓碑，沒想到竟然親眼目睹了養女佐紀從懸崖墜落的場景，柯南和服部立刻趕往現場并發現那里留下了一點一點持續燃燒的火腳印，難道說炎之魔犬真的存在？之后，在院子里照顧犬伏家柴犬的和葉和小蘭竟然也遭到魔犬的攻擊……

游戲公司社長的恩田和美遭到兇手槍擊身亡，小流氓大嶺良介涉嫌重大因此被通緝，他在購物中心劫持一名少女作為人質正打算逃跑時，被柯南發現，他成功救出了女孩但自己卻成為了新人質，大嶺驅車擺脫了警方的追擊，帶柯南來到一處地下室躲藏，期間，柯南試圖逃跑卻遭到不明人士的槍襲，所幸大嶺出手相救，柯南開始懷疑這個為自己負傷的人是否真的是殺人犯，或許這起殺人案的背后還隱藏著不可告人的內幕！

園子的次郎吉叔祖父要舉辦龍馬展，而怪盜基德則發出了預告狀。但奇怪的是這次基德發出的是歸還物品的預告狀！而從叔祖父那里園子他們了解到這次次郎吉只是借出了博物館場地，而展覽的主辦發則是樽見。為了對抗基德，幾次郎在展覽場地安排了特別“基德歸還處”就在眾人在處處提防怪盜基德的時候柯南發覺了基德指定的日期是雨天。但基德的用意究竟何在？

小蘭和小五郎按照指示來到了車站，就在這時阿波羅發現了在車站里奇怪的男人并得到了接下來的線索U字。之后小蘭一行來到了接下來的提示的瓷器店而這時阿波羅和母親一起離開剩下小五郎和小蘭繼續尋找線索。第二天在警方的要求下小蘭眾人繼續破解沒有完全解開的暗號，而就在眾人解開暗號來到會場之后，柯南發現賽場上的米奈芭有些不對勁！

從昏迷中醒來的陽菜趁父母爭吵之際悄悄溜出醫院，按照歹徒的指示去拿彩虹之子，而這一切都在柯南的預計范圍內，他讓服部暗中進行追蹤，期間，小蘭用她撿到的步美的徽章聯系上了少年偵探團并暗示她所在的地點，雖然歹徒發現了服部等人，但柯南還是找到了陽菜和歹徒要去的地方，見勢不妙想要逃跑的歹徒被得到救援的小蘭一招制服，然而，幕后的指使者卻另有其人。