少年偵探團(tuán)一大早搭乘開(kāi)往米花樂(lè)園的電車(chē)，當(dāng)柯南以為沒(méi)人和他們一樣時(shí)，就來(lái)了三個(gè)大學(xué)生也上了這趟電車(chē)，他們是鐵道研究社的，來(lái)這里是為了拍攝地上電車(chē)的照片，期間，川崎下車(chē)去前方拍攝行駛的電車(chē)，可就在電車(chē)急速向前時(shí)，他突然從梯子墜落到鐵軌上，幸虧司機(jī)及時(shí)剎車(chē)，他才得以保住一命，然而大家剛松了一口氣，卻發(fā)現(xiàn)堀井橫尸車(chē)廂……

玉之助半夜悄悄出門(mén)，妹妹小惠和柯南暗中跟蹤到了劇團(tuán)，兩人剛進(jìn)劇團(tuán)就在舞臺(tái)上發(fā)現(xiàn)了被人打昏了玉之助和劇團(tuán)經(jīng)理系江的尸體，而她的身邊有一張紙條和許多木屑。雖然玉之助昏迷但是他卻被認(rèn)定為重要嫌犯，當(dāng)柯南再次來(lái)舞臺(tái)調(diào)查時(shí)，他突然想到了什么便匆忙趕往醫(yī)院，并通知警方好好保護(hù)玉之助，犯人果真去了醫(yī)院，但他身手靈敏，躲過(guò)了警察的追捕，沒(méi)錯(cuò)，這個(gè)人就是半年前消失的江戶(hù)小子！

對(duì)暗號(hào)進(jìn)行仔細(xì)研究后，柯南將其破解，順著暗號(hào)的指引，他們找到了暖爐下新的圖案，只是這個(gè)暗號(hào)指向了盤(pán)子，一切又回到了原點(diǎn)，柯南百思不得其解，之后，他注意到這些帶有暗號(hào)物品的擺設(shè)位置，將他們連成一線(xiàn)，沒(méi)錯(cuò)，機(jī)關(guān)就是天花板上的吊燈，將吊燈旋轉(zhuǎn)后，二樓的密室被打開(kāi)，然而這個(gè)閣樓上居然有一堆白骨！

原來(lái)這個(gè)叫葉才三的人，就是二十年前「四億元強(qiáng)盜殺人案」的主謀，鮫崎和小武郎急忙趕到葉才三所在的101號(hào)房卻發(fā)現(xiàn)屋內(nèi)空無(wú)一人，反而吵醒了睡在隔壁的服部，之后，大家找遍交響樂(lè)號(hào)也沒(méi)有發(fā)現(xiàn)葉才三的身影，如果挨過(guò)今晚，法律將不再追訴他們二十年前所犯下的罪行，葉才三和他的同伙也將恢復(fù)自由之身。十二點(diǎn)之后，甲板上傳出槍聲旗子也被人點(diǎn)燃，柯南發(fā)現(xiàn)了一張寫(xiě)有奇怪語(yǔ)句的紙鈔，這時(shí)，船尾發(fā)生爆炸，而在這熊熊大火之中，隱約可見(jiàn)一具尸體。

九十九七惠通過(guò)妃英理的介紹來(lái)到毛利偵探事務(wù)所，她拜托小五郎幫她重新調(diào)查丈夫著名魔術(shù)師九十九元康的死因，一行人來(lái)到九十九家中，見(jiàn)到了元康的三個(gè)學(xué)生真田一三 、三好麻子和白地裕士，簡(jiǎn)單的照面之后，他們來(lái)到元康的死亡現(xiàn)場(chǎng)——地下室，柯南仔細(xì)進(jìn)行現(xiàn)場(chǎng)勘查，發(fā)現(xiàn)了電話(huà)上一串奇怪的數(shù)字，期間，小蘭對(duì)柯南起了疑心，而暗中觀(guān)察他，但柯南毫無(wú)意識(shí)。