光彥暑假?zèng)]有來(lái)做廣播體操，柯南他們?cè)煸L(fǎng)光彥家，得知光彥一早就出去一個(gè)人去野營(yíng)。實(shí)在沒(méi)有理由來(lái)解釋光彥的單獨(dú)行動(dòng)。柯南他們一路上問(wèn)過(guò)去，才知道光彥搭乘巴士與電車(chē)來(lái)到群馬縣的一個(gè)小站。而且似乎是進(jìn)入了森林。柯南他們用追蹤眼鏡開(kāi)路，卻遇到了群馬縣的警察他們?？履纤麄兊弥斑B續(xù)殺人犯沼淵己一郎也逃到這個(gè)森林中，不由得為光彥擔(dān)心起來(lái)！

柯南和小蘭準(zhǔn)備食材的時(shí)候遇到了舊識(shí)西村佐知子，她也正在為自己男朋友的到來(lái)而滿(mǎn)心期待的做準(zhǔn)備，只是沒(méi)想到第二天，佐知子居然被人用銅質(zhì)裝飾品擊中后腦勺而喪命，警方認(rèn)為她男朋友殺人的可能性最大，但小蘭卻無(wú)論如何都不愿相信這是事實(shí)，于是，她在柯南的暗中提醒下展開(kāi)了調(diào)查，在詢(xún)問(wèn)了佐知子同事之后，小蘭得知了一個(gè)驚人的秘密！

與黑色組織面對(duì)面 滿(mǎn)月之夜的兩起神秘事件(之四)真相大白之后，兇手卻說(shuō)都是蓓摩特逼他殺的人，然而不論何種理由都不能洗刷他殺人的事實(shí)，當(dāng)大家都還沉浸在推理中，工藤新一卻再次揭掉了面具，此人的真正身份竟然是服部平次！而還在碼頭對(duì)峙的茱蒂與蓓摩特也都采取了行動(dòng)，原本處在上風(fēng)的茱蒂卻被身在暗處的蓓摩特的同伙射傷，局勢(shì)發(fā)生了扭轉(zhuǎn)，就在蓓摩特舉槍滅口時(shí)，柯南出現(xiàn)……

某個(gè)星期日，柯南和小五郎在樓下喝咖啡的時(shí)候，從店員阿紫那里聽(tīng)到了一件奇怪的事情，一位客人用完餐之后將手機(jī)落在了店里，期間，阿紫曾接到過(guò)三通電話(huà)，最奇怪的就是最后一次，柯南和小五郎查看手機(jī)，發(fā)現(xiàn)這里面所存的號(hào)碼和名字全部都是虛假的，就在二人毫無(wú)頭緒的時(shí)候，由美拿著這家店的發(fā)票找到這里，而這些發(fā)票的持有者正是手機(jī)的主人，由美說(shuō)這個(gè)人已經(jīng)出車(chē)禍死亡，為了調(diào)查事情的真相，柯南建議給電訊公司打電話(huà)查詢(xún)。

帝丹高中最近發(fā)生了不可思議的靈異事件，小蘭本想拜托小五郎調(diào)查卻被拒絕，所以由柯南出馬破解校園靈異事件之謎。期間，小蘭他們還遇到新出醫(yī)生，于是一行人在園子的帶領(lǐng)下首先來(lái)到了體育館，這里曾莫名的出現(xiàn)了兩年前就已死去的保坂的書(shū)桌，接著又來(lái)到了詭異的圖書(shū)館和導(dǎo)致保坂死去的樓梯，經(jīng)過(guò)一圈查看，柯南已大致明白，就在這時(shí)，操場(chǎng)中間突然出現(xiàn)了保坂的書(shū)桌……