一家房地產(chǎn)公司的黑心社長東先生和他的助手河西找到了毛利小五郎，他們稱自己接到了殺人預告電話，而對方的目標就是東先生。嫌疑人有三個，小五郎和柯南一一找他們確認過，調(diào)查過程中柯南察覺到了一絲異常。三個嫌疑人被叫到了一起，柯南麻醉了小五郎后展開了推理，但就在結果出來后眾人卻都露出了詭異的笑容。

千葉警官在警局四處詢問有關“不明飛行物”的線索，卻毫無所獲，這天他回到家，收到了聲稱是自己宇宙第一大粉絲的人寄來的神秘郵件。在另一邊，名為和田陽奈的女高中生來到毛利事務所，委托小五郎調(diào)查杯戶公園“UFO”一事。杯戶公園隔壁的杯戶高中發(fā)生殺人案件，這兩者是否有聯(lián)系？

小五郎和柯南準備外出吃飯的時候正巧看到了交通事故，駕駛車輛的是菊池俊明，而被撞死的人是他的熟人堤先生，看到堤的尸體后菊池痛哭流涕，而警方在堤的外套里找到了一封遺書，據(jù)此將這起事故作為自殺案件處理。菊池的舉動和現(xiàn)場的細節(jié)引起了柯南的懷疑，他知道這并不是一起自殺案件。

在被害人波土的遺物中發(fā)現(xiàn)了他親手所寫的字條，經(jīng)紀人和社長隨即回憶起了波土生前的往事，眾人這才得知經(jīng)紀人小姐原來竟是波土的前女友。而在舞臺上發(fā)現(xiàn)的繩索和折疊椅也為柯南等人提供了線索，經(jīng)過波本對繩索的一番講解和演示，眾人共同推理出了波土的死因和兇手的真實身份。

毛利小五郎收到了一本未出版的圖畫書，柯南發(fā)現(xiàn)書上的內(nèi)容與近日發(fā)生的爆炸案有關。目暮警官得知此事后，帶著圖書作者的編輯趕到了現(xiàn)場。根據(jù)編劇所言，圖書作者已因病去世，而引發(fā)爆炸案的嫌疑人正是圖書作者的哥哥。通過書上的線索，柯南和毛利小五郎找到了藏匿在公園的炸彈，并被告知還有其他炸彈存在，柯南能否化險為夷找出其余的炸彈？