和柯南推測的一樣，17年前殺害羽田浩司的兇手就是那個(gè)從現(xiàn)場消失的名叫淺香的保鏢，其真實(shí)身份是黑暗組織的二把手朗姆，除了這些從羽田的死亡訊息中得到的線索外柯南一籌莫展。就在柯南思索的時(shí)候聽到了電視臺打給毛利小五郎的電話，號稱靈魂偵探的堀田打算破解羽田浩司的案件，但當(dāng)柯南和小五郎趕到指定賓館時(shí)又一起兇殺案發(fā)生了。

為了紀(jì)念戰(zhàn)國武將信長入主岐阜城450周年，偵探少年團(tuán)和阿笠博士來到岐阜市內(nèi)游玩。在光彥的提議下，眾人共同觀看了當(dāng)?shù)氐挠⑿坌惚硌荨１硌萁Y(jié)束后，光彥因想得到簽名而獨(dú)自返回觀看場所，然而他卻在尋找表演人員的過程中遭到綁架……與此同時(shí)，在博物館展出的信長公像也一并失竊。光彥能否獲救？柯南眾人尋盡線索，希望迅速找出幕后黑手。

音樂人波土祿道發(fā)表了新歌并準(zhǔn)備召開演唱會，柯南等人約定一起去看波土的彩排表演。來到表演廳外的眾人偶遇了波本和小梓，卻被工作人員通知表演臨時(shí)取消。正當(dāng)眾人在表演廳外交談時(shí)，前來做消防檢查的警察卻突然發(fā)現(xiàn)波土祿道被吊死在了舞臺正中央……

不分晝夜騎著巨大摩托車四處游蕩的天城達(dá)也遇害，生前給周圍居民帶來不小困擾的他遭到了人們的冷漠對待，大家都很慶幸有人殺了他。應(yīng)當(dāng)擔(dān)任與天城達(dá)也溝通協(xié)商的居委會會長番藤彥一死在了自己的家中，雖然現(xiàn)場布置成了自殺的模樣，但柯南和小五郎還是看出了端倪，這一點(diǎn)被咖啡廳的老板金滿豐子證實(shí)，她提出昨晚番藤根本就不會與天城見面。

目睹柯南墜崖的眾人陷入了痛苦和無助之中，警察署的搜查工作也一籌莫展，然而小哀卻覺得此事另有蹊蹺，便獨(dú)自上路尋找柯南。另一方面伊勢原在柯南的幫助下成功脫險(xiǎn)，二人在山中的木屋與小哀相遇。在三人的設(shè)計(jì)和警方的幫助下，抓捕佐羅的行動(dòng)圓滿完成。正當(dāng)眾人以為此事已畫上句點(diǎn)時(shí)，柯南卻發(fā)現(xiàn)案件仍有疑點(diǎn)……