來到倫敦的柯南不小心以新一的身份向小蘭暴露在倫敦的事實(shí)，而此時(shí)柯南喝下了回國(guó)用的解毒劑暫時(shí)以新一的身份出現(xiàn)！在繼續(xù)調(diào)查的過程中小蘭從以前新一說過的話中得到啟發(fā)發(fā)現(xiàn)了人偶的秘密。而之后通過與新一電話中發(fā)現(xiàn)了更多的線索。這時(shí)小蘭和小五郎碰到了米奈芭小姐，在米奈芭和弟弟阿波羅的協(xié)助下小蘭留在教堂的紙片，而上面寫著的就是接下來的線索。

天來到公園驚醒樂隊(duì)指揮訓(xùn)練的步美總是會(huì)遇到一個(gè)奇怪的人，這天在少年偵探團(tuán)的各位陪同下步美又一次遇到這個(gè)醉酒的跟蹤狂。第二天當(dāng)她們?cè)俅蝸淼竭@里時(shí)卻發(fā)現(xiàn)這個(gè)叫做與田的男人的尸體！看似是醉酒事故，但在詢問了死者的同事之后得知死者恐高的事實(shí)。最終在調(diào)查現(xiàn)場(chǎng)后柯南確定了此次是殺人事件并找出了兇手的真實(shí)身份。

解決了暗號(hào)事件回到日本的柯南終于恢復(fù)了正常的生活，在放學(xué)回家的路上元太提議大家進(jìn)入即將拆遷的大樓內(nèi)來玩捉迷藏。就在這時(shí)元太發(fā)現(xiàn)有奇怪的敲打墻壁的聲音，柯南發(fā)現(xiàn)這是有人發(fā)出的求救聲音，就在他們?cè)谒褜さ倪^程中發(fā)現(xiàn)了在檢查大樓的兩個(gè)工人。兩人告訴柯南他們那是他們發(fā)出的響聲不用在意但在柯南的推理下少年偵探團(tuán)們開始尋找被困的人，就在這時(shí)之前的檢查工人卻抓住了小哀，究竟應(yīng)該這應(yīng)該辦！

一波未平一波又起，繼越路被人襲擊之后，彌山屋也意外失火，并且有目擊者表示彌山的哥哥曾出現(xiàn)在火災(zāi)現(xiàn)場(chǎng)，案件越來越撲朔迷離，小五郎和警方等人決定先回廣島試圖從紳六的友人著手調(diào)查，沒想到悲劇再次發(fā)生，上諏訪被不明人士襲擊，這同樣與宮島的七大不可思議相關(guān)，柯南想到了上諏訪曾說的話，而這也正是破案的關(guān)鍵，沒想到兇手居然是擁有最有力不在場(chǎng)證明的那個(gè)人！

小五郎受東山先生之邀來到獵戶座企劃公司，沒想到在這里打電話聯(lián)系東山先生的時(shí)候，竟然看到窗外有人墜樓而亡，警方立刻介入調(diào)查，死者名叫高幡，同是這家公司的職員，而當(dāng)時(shí)在公司的只有東山和另一名職員砂川七惠，但東山卻有充分的不在場(chǎng)證明。之后，隨警方來到高幡辦公室的柯南在這里發(fā)現(xiàn)了一些關(guān)鍵線索，即使案件多么錯(cuò)綜復(fù)雜但真相只有一個(gè)！