白夜團利用民眾游行包圍了雷門公司，但他們真正的目的則是片助的科學忍具研究所。當大家的注意力全被雷門公司吸引時白夜團搶走了研究所的忍術資料，鹿臺意識到這一點后立即與博人等人趕了過去，他們依靠片助的跟蹤器找到了白夜團，在同伴們的掩護下鹿臺和博人追了上去，他們能阻止白夜團的陰謀嗎？

陶謙手下因為圖財害命而殺曹操之父，曹操（鮑國安飾）為報殺父之仇，領兵殺赴徐州陶謙。糜竺前往孔融處請求救兵，正在孔融處投靠的劉備（孫彥軍飾）、關羽（陸樹銘飾）、張飛（李靖飛飾）三人決定前往救助徐州。陶謙感激劉備的仁義，加之自己老邁多病，欲讓出徐州，但劉備只因大義而來相助，并非想吞并徐州，因而一讓再讓，并提出先退曹操之兵。此時曹操收到消息，呂布攻陷山東，曹操依郭嘉之計退兵山東。陶謙再讓徐州，劉備依然拒絕，暫居小沛。曹操大敗呂布，呂布欲投劉備。陶謙病重，三讓徐州與劉備，劉備最終領下徐州。

桃園結義

孫策（濮存昕飾）占領江東后，聲勢大震，常有攻打許都之心，許貢告密于曹操，被孫策兵馬抓獲。孫策與張昭游街的時候，遇見被民間稱為“神仙”的于吉，見城中百姓皆行跪拜之禮，大怒。在出城散心中碰到殺手，被刺傷。不久孫策傷勢見好，于吉又在城中施符水，正巧孫策正在召眾臣商討討伐許都之事，遂勃然大怒，一劍刺向于吉。于吉死后，孫策不久傷口復發而亡，其弟孫權統領江東。

佐良娜、博人、新希展開決賽混戰，佐良娜和博人聯手對抗新希攻防一體的忍術“黑鐵乃掌”，用雷遁手里劍攻擊新希卻傷不了對手分毫。新希反擊用黑鐵困住佐良娜和博人，佐良娜被黑鐵乃翼重傷倒地，博人為了證明自己使用科學忍具贏得比賽，鳴人親手揭穿兒子的作弊行為。幕后推手片助博士登場，博人意識到自己被人利用，隨后意想不到的人物出現了。