平次參加了全國高中生劍道大賽，他在個人賽中獲得了優(yōu)異的成績，他決心打敗對手沖田然后向和葉告白。但是事情進(jìn)展的并不順利，中場休息時場外發(fā)生了一起兇殺案。裁判拔谷士道在室外廁所旁被殺害，兇手穿著京都泉心高中的劍道護(hù)具，現(xiàn)場沒有目擊者，只有一位雙目失明的老人聽到了聲響。

利用步美找到的暗號解讀表，柯南本以為能順利解開暗號，不料卻遇到了瓶頸。正當(dāng)此時，若狹老師再次拜托少年偵探團(tuán)前往舊倉庫尋找石灰。來到舊倉庫的眾人發(fā)現(xiàn)倉庫一片狼藉，在若狹老師不經(jīng)意的提示下，柯南終于解開了暗號的含義，并推測犯人將再次來到舊倉庫。為了避免打草驚蛇，柯南設(shè)計誤導(dǎo)犯人，并在深夜與若狹老師等人再次來到舊倉庫，柯南能否順利將犯人一網(wǎng)打盡？

半年前毛利小五郎去杯戶北町工作時，碰巧遇到了一起事件。名為桐崎禮美的女性被發(fā)現(xiàn)吊死在自己的公寓中，因?yàn)榉繓|和桐崎的鄰居惠小姐都能證明她有自殺的傾向，外加她還留有一封遺書，所以事件被當(dāng)做自殺處理。桐崎的死讓惠小姐非常自責(zé)，而小五郎的話讓她重新振作了起來，為了感謝小五郎才有了今天的約會，但在約會中柯南卻看出那起案件的隱情。

外出露營的少年偵探團(tuán)為了避雨來到了一棟別墅，別墅內(nèi)的男傭人告訴大家最近房間內(nèi)有幽靈出現(xiàn)。在交談中，柯南等人得知別墅的女主人不久前剛剛?cè)ナ?，而男主人則認(rèn)為幽靈是女主人回到了家中。關(guān)于出現(xiàn)幽靈一事，女傭人似乎顯得十分不適，而男主人的侄子似乎行跡也有些奇怪?？履喜煊X到幽靈之事必有蹊蹺，決心與少年偵探團(tuán)一同查明真相。

死者被殺時手里握著剪刀，尸體的傷口處還粘滿了蜂蜜，不僅如此，案發(fā)現(xiàn)場的水龍頭還一直開著，柯南和昴確定兇手就是零食店的仙波先生，但他們還一時半會兒找不到兇器。在詢問了保鏢后柯南有了一些線索，阿笠博士在院子里看到的成群螞蟻也為他們提供了幫助，兇手到底是運(yùn)用了什么手法來作案的呢？