小說家萬田年久在旅館里趕寫小說，在編輯島木催稿離開房間后，萬田化裝成服務生，帶著貓咪諾貝爾離開了旅館。萬田路過柯南等人打簡易棒球的場地，進入了弟子原本高平的家。萬田從代理作者原本那里得到原稿后，將其殺害了。而偶然將球打入的柯南一行進入房間后發(fā)現(xiàn)了被殺的原本。柯南則發(fā)現(xiàn)了萬田的不自然。

30年前，莊堂胡桃被一位少年從車禍中救回一命，如今，她想把偶然中得的一億獎金轉(zhuǎn)送給自己的恩人，線索就是少年身上巨大的疤痕以及夏日海灘的記憶，期間，有兩名男子前來認領(lǐng)，為了辨認誰才是正牌貨，柯南他們來到了莊堂家，沒想到在這里碰到了正在追查快要超過追訴期的殺人案的目暮警官，因為那名兇手身上也有一道傷痕。當晚，小五郎泡澡的時候，發(fā)現(xiàn)管家保谷泰輔背上有一道傷痕，胡桃回憶中的少年究竟是誰呢？

著名畫家及川武賴四部曲作品當中的最后一幅《青嵐》被怪盜基德盯上，柯南、小五郎也因此被請到了及川府，然而那幅畫竟然在設有監(jiān)視器的畫室里瞬間消失不見，與此同時，及川的岳父風景畫大師神原也被發(fā)現(xiàn)死在這個房間內(nèi)，難道兇手是從不殺人的基德？之后及川在柯南的后衣口袋中發(fā)現(xiàn)了基德留下的卡片，但柯南一眼就看穿了他的把戲，并推斷出基德就在四名警察之中。

一名老護士告訴柯南，她以前見過英祐并且在他小的時候還因白血病做過手術(shù)。另一方面，得知杯戶中央醫(yī)院被黑暗組織入侵后，柯南和FBI立刻對醫(yī)院的病人進行了排查，其中最具嫌疑的有三個人，為找出那個在醫(yī)院調(diào)查水無憐奈的人，柯南想出了一條妙計，他直接與這三個嫌疑者接觸，最終將目標鎖定，在接下來的行動中，柯南和FBI又能得到什么樣的線索？

柯南、少年偵探團、哀、阿笠博士來到阿笠博士友人所在村莊觀光，在夜晚的溪邊等待放螢火蟲時，村長的兒子中嶺和助手垂水乘坐運送螢火蟲的貨車到達。垂水打開貨車上的箱子，螢火蟲便成群結(jié)隊的飛了出來。元太為了要抓螢火蟲，爬上了貨車，隨手拿走了貨車上的手電。在大家陶醉于欣賞螢火蟲時，助手垂水接到一通中嶺打來的電話，說中嶺在烏帽巖，救命。柯南等人到達時，發(fā)現(xiàn)中嶺已經(jīng)死在車內(nèi)，地上放著疑似有毒的飲料瓶，車內(nèi)還飛著一只……螢火蟲。。。