揭開暑假序幕的星期天，阿笠博士陪著少年偵探團(tuán)看完電影后往家趕，在電車上他們看到遠(yuǎn)方的樓頂上發(fā)生了命案，但到達(dá)現(xiàn)場(chǎng)后目擊墜落的時(shí)間卻是他們看到案情發(fā)生后的10分鐘。五層的建筑不可能墜落這么長(zhǎng)時(shí)間，為了找出案情的真相柯南立即對(duì)案發(fā)的大樓展開了調(diào)查。

在砂田善三叔叔的邀請(qǐng)下園子、小蘭和柯南一起來(lái)到溫室觀看開花的金琥，在參觀的過(guò)程中愛發(fā)脾氣的善三叔叔和自己的兩個(gè)兒子因?yàn)檫z囑的事情起了爭(zhēng)執(zhí)。吃過(guò)八代小姐做的晚飯后柯南等人聽見了溫室的警報(bào)聲，趕過(guò)去的他們看到的是握著遺囑驚慌失措的康之，而砂田善三已經(jīng)死在了溫室里。

為了補(bǔ)償先前被卷入鈴木號(hào)特快車內(nèi)發(fā)生的恐怖事件，園子邀請(qǐng)毛利一家和柯南前往度假，而暴露身份的波本竟然以網(wǎng)球特別教練的身份也出現(xiàn)在那里，被球拍砸到的柯南不幸受傷，簡(jiǎn)單的治療之后他被帶到附近網(wǎng)球社成員的別墅休息，當(dāng)他醒來(lái)時(shí)卻發(fā)現(xiàn)房間里有一具不自然的尸體。

來(lái)到熊本阿蘇火山旅行的柯南等人不幸卷入了事件，盜取熊紋食品機(jī)密資料的犯罪嫌疑人試圖取回贖金時(shí)被步美打斷，藏有機(jī)密隨身碟的熊本熊玩偶陰差陽(yáng)錯(cuò)到了小男孩賈斯丁手中，與賈斯丁有過(guò)一面之緣的柯南等人好不容易才找到了他的線索，但卻被犯人搶先了一步，現(xiàn)在丟失的不只是機(jī)密文件，連同賈斯丁也被綁架了。

根據(jù)綁架犯的做法柯南判斷是熟悉阿笠博士家的人所為，而最近前來(lái)查看古董壺的三組人便成了被懷疑的對(duì)象，他們所發(fā)來(lái)的小貓照片是小蘭媽媽上傳的音像，而這一切只是為了帶走步美的借口，因?yàn)樗麄冋嬲哪康氖前Ⅲ也┦績(jī)r(jià)值連城的波斯地毯。通過(guò)阿笠博士對(duì)三組人的描述后柯南鎖定了目標(biāo)，而步美的耳朵和真正地毯上都留有決定性的證據(jù)。