為調(diào)查真相，柯南又重返兩個(gè)案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)，沒(méi)想到會(huì)有新的發(fā)現(xiàn)，他從鑒識(shí)人員那里得到了小提琴琴橋以及指揮棒的尖端，只要有這兩個(gè)東西，蓮希奶奶自殺的結(jié)論就可以被推翻，柯南依舊利用老方法把小五郎麻醉，將四名最有嫌疑的人叫道蓮希奶奶死時(shí)所在的房間，將兩年前以及今天所發(fā)生的慘案真相一一道出……

柯南等人掉落屋低之后，發(fā)現(xiàn)這個(gè)別館的地下居然是一個(gè)巨大的迷宮，大家團(tuán)結(jié)一致將衣服拆開(kāi)，利用毛線引導(dǎo)道路，雖然走了很多冤枉路，但還是找到了出口。而此刻距離解謎的結(jié)束時(shí)間只有三個(gè)小時(shí)，這時(shí)，窗外的一束光給了柯南提示，他跑出東之天使那里，把找到的黑色水晶按放在相應(yīng)的位置，寶藏的所在也顯現(xiàn)出來(lái)，這時(shí)，時(shí)鐘不顧一切的沖向?qū)毑兀降资鞘裁慈耍?/p>

警方聽(tīng)過(guò)答錄機(jī)里的留言后，分別向留言的蓬田、檜垣和稻葉打電話確認(rèn)，發(fā)現(xiàn)每個(gè)人都有不在場(chǎng)證明，雖然警察沒(méi)有頭緒，但柯南卻早已知道兇手是誰(shuí)，可介于小林老師的暗中觀察，柯南不能表現(xiàn)的太過(guò)明顯，于是，他將自己的推理簡(jiǎn)單告訴元太他們，讓他們分擔(dān)必要的說(shuō)辭，提醒警察逐一排除其他兩名嫌疑人犯案的可能，那么，最有可能犯案的就是他！

柯南在舊大社車站找到了可以證明江角案發(fā)時(shí)不在場(chǎng)的目擊證人，幫江角洗清嫌疑之后，福間也不在隱瞞而說(shuō)出了事情的真相，其實(shí)在他到達(dá)現(xiàn)場(chǎng)的時(shí)候，鱷淵已經(jīng)死亡，在尸體身邊他發(fā)現(xiàn)了江角的項(xiàng)鏈，于是，就出現(xiàn)了兩人互相包庇的戲碼。既然鱷淵并非這對(duì)情侶所殺，那么兇手就在藤江和石飛之間，即使他們兩人都有不在場(chǎng)證明，真相也永遠(yuǎn)只有一個(gè)！

在這期間柯南還遇到了茱蒂老師，他將自己竊聽(tīng)到黑衣組織計(jì)劃在IDP的地方殺一個(gè)叫DJ的人的事告訴了她，茱蒂說(shuō)今天下午水無(wú)將采訪三個(gè)首次參加眾議院選舉的人，DJ一定就是其中之一，就在柯南焦頭爛額的推理IDP在哪里時(shí)，茱蒂一句話提醒了他，于是他讓博士驅(qū)車前往杯戶公園，此時(shí)，水無(wú)已經(jīng)開(kāi)始了采訪，柯南和茱蒂火速趕往現(xiàn)場(chǎng)，他們能阻止暗殺事件的發(fā)生嗎？