小蘭、園子和世良三人在上學(xué)途中發(fā)現(xiàn)了路旁的遺體，遺體的旁邊留下了用血寫下的“死”字，這就和十年前工藤優(yōu)作唯一沒有揭穿犯人的事件幾乎一樣，為了調(diào)查這兩期案件的共同點(diǎn)，他們打電話給高木警官，但參與十年前案件的目暮警官看過遺體后卻以竊盜事件定性，回憶著十年前的一幕幕柯南依舊沒有明白自己父親的用意。

繼輕井澤別墅中的若松先生遇害之后，他的兒子玉郎也在東京的家中被毒殺，不可思議的是除了玉郎吃掉的那塊蛋糕意外并沒有發(fā)現(xiàn)其他的蛋糕上有毒。于此同時(shí)，大和敢助警官等人注意到了被殺害的若松先生浴室的瓷磚是運(yùn)用了一種名為陰影鉆石錯(cuò)視的會(huì)引發(fā)視覺錯(cuò)覺的形狀，總算讓若松社長的死亡訊息再次顯現(xiàn)出來，而現(xiàn)實(shí)出的字母竟是SON。

通過新架設(shè)的偵探事務(wù)所網(wǎng)頁得到了一份乍看之下很簡單的委托，當(dāng)小五郎帶著柯南、小蘭和安室前往更改的見面場所后依然沒有見到委托人，再次回到事務(wù)所的他們又收到了委托人的訊息，佯裝離開事務(wù)所的他們發(fā)覺了其中的蹊蹺，再次回到事務(wù)所的他們準(zhǔn)備揭穿嫌犯的手法，但在這時(shí)他們卻聽到了廁所里傳來的槍聲。

以大阪發(fā)生的事件為契機(jī)，平次等人特地來到東京搜查，事件現(xiàn)場是一所公寓的房間，經(jīng)過柯南和平次的調(diào)查后判定這是一起自殺案件，利落解決案件的柯南等人準(zhǔn)備乘坐電梯回去時(shí)又發(fā)生了命案。乍看之下發(fā)生在眼前的是自殺案件，但柯南和平次發(fā)現(xiàn)了很多疑點(diǎn)，根據(jù)高木警官打聽的結(jié)果，柯南等人鎖定了三名嫌疑人。

社長夫人就好像是在簽名的時(shí)候被默默溜進(jìn)來的幽靈毒害了一樣，就像是寄給服部奇怪信件的人類擅自虛構(gòu)出來的不正常的存在所下的毒手。門把和拖鞋上所撒的毒粉只是掩人耳目的手段，而饑餓的玉郎也是因?yàn)橘Z斯特羅錯(cuò)覺選擇了有毒的蛋糕，和高木警官的對(duì)話后柯南和服部已經(jīng)知道了兇手的辦案手法，但他們現(xiàn)在依然缺少?zèng)Q定性的證據(jù)。