柯南從無(wú)人機(jī)上墜落后便失去了犯人的線索，就在眾人一籌莫展的時(shí)候佐藤警官打來(lái)電話，她稱發(fā)現(xiàn)了犯人。佐藤警官上前拘捕犯人卻反被挾持，柯南和高木等人趕到后協(xié)力制服了犯人，但手提包內(nèi)的1億日元卻不翼而飛。另一方面，本該被綁架的麻奈美小姐正在美術(shù)館欣賞裕之的作品，而這背后到底是誰(shuí)在搞鬼？

柯南在靈車中發(fā)現(xiàn)了遺失的遺囑，小蘭和少年偵探團(tuán)趕到會(huì)場(chǎng)后才發(fā)現(xiàn)葬禮已經(jīng)結(jié)束，而靈車正開往火葬場(chǎng)。情況十萬(wàn)火急，小蘭等人在尸體火化前趕到了火葬場(chǎng)，而棺材內(nèi)卻并沒(méi)有找到柯南，在大家束手無(wú)策時(shí)又傳來(lái)了柯南的訊息。靈車有兩輛，而載著柯南的老舊靈車正駛向報(bào)廢場(chǎng)，在不知道靈車內(nèi)有人的情況下柯南的處境十分危險(xiǎn)。

目睹柯南墜崖的眾人陷入了痛苦和無(wú)助之中，警察署的搜查工作也一籌莫展，然而小哀卻覺(jué)得此事另有蹊蹺，便獨(dú)自上路尋找柯南。另一方面伊勢(shì)原在柯南的幫助下成功脫險(xiǎn)，二人在山中的木屋與小哀相遇。在三人的設(shè)計(jì)和警方的幫助下，抓捕佐羅的行動(dòng)圓滿完成。正當(dāng)眾人以為此事已畫上句點(diǎn)時(shí)，柯南卻發(fā)現(xiàn)案件仍有疑點(diǎn)……

為了和靈魂偵探堀田凱人進(jìn)行對(duì)談，柯南跟著毛利小五郎來(lái)到了酒店，但到時(shí)發(fā)現(xiàn)堀田已被殺害，其隔壁房間的客人竟然是世良。柯南和世良在案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)進(jìn)行了一番調(diào)查，罪犯的手法與關(guān)鍵性的證據(jù)全被找了出來(lái)，就在柯南準(zhǔn)備和往常一樣進(jìn)行推理時(shí)卻發(fā)現(xiàn)自己的變聲器不見了，而這時(shí)竟有人很自然的用他遺失的變聲器開始模仿小五郎的聲音進(jìn)行推理。

不分晝夜騎著巨大摩托車四處游蕩的天城達(dá)也遇害，生前給周圍居民帶來(lái)不小困擾的他遭到了人們的冷漠對(duì)待，大家都很慶幸有人殺了他。應(yīng)當(dāng)擔(dān)任與天城達(dá)也溝通協(xié)商的居委會(huì)會(huì)長(zhǎng)番藤?gòu)┮凰涝诹俗约旱募抑校m然現(xiàn)場(chǎng)布置成了自殺的模樣，但柯南和小五郎還是看出了端倪，這一點(diǎn)被咖啡廳的老板金滿豐子證實(shí)，她提出昨晚番藤根本就不會(huì)與天城見面。