這天是米花大學(xué)的校慶，小五郎作為畢業(yè)嘉賓帶著柯南，小蘭和園子前來(lái)參加。這是米花大學(xué)學(xué)生辻榮尊座邀請(qǐng)小蘭來(lái)幫忙看看僵尸表演是否到位。之后柯南，小蘭和園子在尊座和貴士的帶領(lǐng)下參觀了他們?cè)O(shè)計(jì)的絕叫病棟，就在被他們精湛的設(shè)計(jì)和表演嚇到的同時(shí)發(fā)現(xiàn)成員之一安菜沒(méi)有按計(jì)劃起身嚇人，走進(jìn)之后發(fā)現(xiàn)安菜已經(jīng)中毒身亡！隨著調(diào)查的深入，一個(gè)月之前橋口中毒身亡的事情也逐漸浮出水面。

小五郎帶柯南和小蘭去菜園屋頂?shù)臅r(shí)候，發(fā)現(xiàn)了其中一塊菜田主人中村的尸體，表面上看像是因?yàn)槟_底打滑磕到了后腦勺的意外死亡，但柯南察覺(jué)到了其中的蹊蹺，警察找來(lái)屋頂菜園的其他三名種植者進(jìn)行偵訊，每個(gè)人都沒(méi)有不在場(chǎng)的證明，并且其中一人的供詞卻引起了柯南的注意，當(dāng)大伙兒再次來(lái)到菜園進(jìn)行現(xiàn)場(chǎng)調(diào)查時(shí)，柯南發(fā)現(xiàn)了一塊奇怪的磚頭，而這無(wú)疑是找出兇手的關(guān)鍵線索。

來(lái)到倫敦的柯南不小心以新一的身份向小蘭暴露在倫敦的事實(shí)，而此時(shí)柯南喝下了回國(guó)用的解毒劑暫時(shí)以新一的身份出現(xiàn)！在繼續(xù)調(diào)查的過(guò)程中小蘭從以前新一說(shuō)過(guò)的話中得到啟發(fā)發(fā)現(xiàn)了人偶的秘密。而之后通過(guò)與新一電話中發(fā)現(xiàn)了更多的線索。這時(shí)小蘭和小五郎碰到了米奈芭小姐，在米奈芭和弟弟阿波羅的協(xié)助下小蘭留在教堂的紙片，而上面寫(xiě)著的就是接下來(lái)的線索。

在咖啡廳進(jìn)行調(diào)查的時(shí)候，柯南提醒警方和小五郎，他們?cè)?jiàn)到的久瀨或許并不是她本人，這時(shí)，莊堂提議帶他們?nèi)ゾ脼|買(mǎi)洋裝的服裝店，并證實(shí)了久瀨一個(gè)人來(lái)買(mǎi)衣服的事實(shí)，加之在咖啡廳打碎的杯子上檢測(cè)到久瀨的指紋，這些無(wú)疑都成了莊堂無(wú)法犯案的證明，然而，不論計(jì)劃多么嚴(yán)密，都無(wú)法瞞過(guò)柯南的眼睛，他將喋喋不休的小五郎麻醉并躲在柜臺(tái)后面道出了真相。

日賣(mài)電視臺(tái)的特別節(jié)目《全國(guó)小島先生選手權(quán)大賽》即將開(kāi)始，冠軍將會(huì)贏得一千萬(wàn)元的獎(jiǎng)金和一幅價(jià)值不菲的水墨畫(huà)軸，幸運(yùn)的是元太的父親經(jīng)過(guò)層層篩選獲得了參加決賽的資格，然而，就在比賽開(kāi)始之前，主辦者小島權(quán)作不知被誰(shuí)推下了樓梯因而導(dǎo)致死亡，其中能夠使用這個(gè)樓梯的人就只有進(jìn)入決賽的三名小島先生，元太的父親也成為了嫌疑人之一，問(wèn)題的關(guān)鍵是到底誰(shuí)才是元太的爸爸？