小五郎帶著小蘭和柯南來(lái)到“黃昏別館”，途中還偶遇了同是偵探的千間降代，當(dāng)他們到達(dá)之后才發(fā)現(xiàn)，此次受邀前來(lái)的茂木遙史、大上祝善、槍田郁美和白馬探都是名偵探，而在這棟別墅內(nèi)隨處可見(jiàn)陳年的血跡。在晚宴上，本以為能一睹這位別墅主人尊容的各位偵探卻掃興的發(fā)現(xiàn)，他居然頭戴面罩，并且還阻斷了所有道路，要求偵探們?cè)谶@棟孤立無(wú)援的別墅內(nèi)幫他尋找寶藏。

柯南、小蘭和小五郎回家的路上，看到一間公寓里有人發(fā)生了爭(zhēng)吵，正準(zhǔn)備上前阻止時(shí)，一位老人說(shuō)這種爭(zhēng)吵已成家常便飯，不用理會(huì)。然而，第二天居然在這間公寓里發(fā)現(xiàn)了尸體，就在小五郎懊悔沒(méi)能救人時(shí)，事務(wù)所突然沖進(jìn)了一位叫中本的年輕人，他聲稱自己是無(wú)辜的，雖然昨晚看似自己和死者在一起發(fā)生了爭(zhēng)吵，可這根本就是死者所演的獨(dú)角戲，隨后小五郎又找到了能證明他清白的錄音帶，本以為一切塵埃落定，柯南卻發(fā)現(xiàn)了其中的蹊蹺。

小五郎等人乘坐BONNET公交車，來(lái)到一個(gè)叫“影秋村”的地方，中途上同車的村民奧村喝了自己帶的茶后死亡了。小五郎和柯南自動(dòng)在“影秋村”展開(kāi)搜查。村民們就是否交給警察調(diào)查與警方發(fā)生了沖突。原來(lái)村民就是否將卡扭車作為觀光車分成了兩派而奧村作為反對(duì)派的代表同村長(zhǎng)為代表的贊成派一直有沖突。此時(shí)村長(zhǎng)船木出現(xiàn)并提出委托費(fèi)為100萬(wàn)日元的委托。之后柯南得知村子里7年前的事故。夜晚在尾隨塔子的柯南卻聽(tīng)到為了找他而進(jìn)入神社的蘭的尖叫聲！？

光彥建議讓亞瑟聞道爾的味道幫忙找道爾，可亞瑟卻從和式里叼出一個(gè)坐墊，柯南發(fā)現(xiàn)和式里的坐墊比之前多了一個(gè)，他又將道爾聽(tīng)到時(shí)鐘之后發(fā)生的事情全部梳理了一遍，并且還在客廳的走廊上找到了曾經(jīng)出現(xiàn)在焚化爐里的玻璃棉，有了這些線索一切謎題迎刃而解，找到道爾之后，少年偵探分工合作，將它失蹤時(shí)的場(chǎng)景重演一遍，揪出了藏匿道爾的歹徒。

柯南在從大阪回來(lái)的新干線中遇上了佐藤警官、高木警官。兩人正在押送毒品的秘密販賣者小倉(cāng)。途中車內(nèi)發(fā)現(xiàn)可疑的炸彈包裹。就在佐藤前去查看之時(shí)留下高木警官的時(shí)候，犯人小倉(cāng)要求去廁所，卻在廁所中用刀刺自己的腹部身亡。而在調(diào)查的過(guò)程中佐藤發(fā)現(xiàn)小倉(cāng)血跡的疑點(diǎn)，并推斷出這是他殺時(shí)間而非自殺。