白鳥警官的車突然發生爆炸，所幸他并沒有當場死亡而是被立馬送去了醫院，在他的手中，佐藤警官還發現一封和三年前相似風格的挑戰書，為了尋找炸彈，警察在慌亂中展開調查，柯南也從佐藤警官那里得知了，這個爆炸狂與警察的淵源，七年前警察和兩名歹徒產生了誤會，而導致其中一人出車禍死亡，于是這名活下來的歹徒便安放炸彈報復警察。

平次和合葉被惡毒的律師美里沙關了起來，并強迫服部來解開楠川偵探留下的一句暗號。另一方面柯南雖然在掌握了平次他們的行蹤，但因為找不到只好找了家飯店吃午飯。突然平次打了一通電話過來，要求幫忙解暗號密碼，但柯南發現了暗號密碼的異常。此時，服部也為美里沙解開了暗號的謎題，而柯南也成功解除謎題并報警解救出平次和葉子。

與黑色組織面對面 滿月之夜的兩起神秘事件(之二)灰原一人在家等新出醫生接她看病的時候，茱蒂老師居然出現在門外。另一邊，幽靈船上的宴會剛開始，船長就被不明人士用十字弓射殺，而在他的胸前還出現了一張惡魔牌，在對工作人員進行詢問之后，小五郎認為兇手就是與自己一組的但將惡魔牌遺失的木乃伊，以此同時，和小五郎同組的隱形人獨自一人展開了調查，并且還發現了不少線索，他利用廣播將船艙內的客人叫的甲板，在揭秘兇手及其犯案手法之前，他拆掉了自己的偽裝……

柯南等人在警視廳鑒證連續發火現場遺留的紅馬現場照片，發現其中1張紅馬上有“兔”字，由此推出“紅馬”是三國志中出現的赤兔馬。另一方面，古董品店長玄田隆德到訪諸角宅，由于他打算送給諸角亮子的塑像是騎乘著赤兔馬的關羽，玄田的名字引起了搜查線上的注意。在一系列的推理調查之后玄田被捕了，但柯南和平次卻發覺了這其中的異樣。最終在柯南和平次的聯手調查下犯人的真面目慢慢浮出水面。

小五郎受邀帶著柯南與小蘭造訪知名畫家早河靜山的別墅。他的地址黑木次郎拜托小五郎激勵自殺未遂的靜山。次日，小五郎等留下靜山和黑木去海邊釣魚，而傭人山本典子聯系他們說靜山留下手書失蹤了。很快，在竹林中發現了靜山的遺體。發覺自殺有可疑之處的柯南剖析事件真相發現他殺的證據和犯人的真實身份！