尸澄真等人拿到忍刀后準備組建新的忍刀七人眾引發革命，長十郎得知后準備肅清他們，如果有必要的話神樂也難逃一劫。博人說服長十郎準備私下解決這次的叛亂，他打算把事態控制到小鬼打群架的程度，沒有更好辦法的長十郎決定陪博人和佐良娜一起行動，而其他同伴也偷偷跟了上去，但持有忍刀的尸澄真一行并沒有那么好對付。

筧堇、山葵與淚的小組迎來了新的任務，動物園的籠子被打開，里面的動物全都出逃，堇小隊要做的就是將動物們全都抓回來。帶隊老師花火決定讓三人獨立完成這次的任務，但山葵和淚卻在任務中鬧了別扭，淚在獨自抓捕狛猿的時候碰到了猛獸大鬣狼，她們能夠團結起來完成任務嗎？

董卓見呂布戰敗，盟軍勢大，燒洛陽，逼獻帝遷都長安。盟軍入洛陽，各起異心。孫堅在宮井中得到傳國玉璽，率軍返回江東。曹操（鮑國安飾）與袁紹發生摩擦，去了揚州。盟軍瓦解。接著軍閥又開始火并。袁紹攻公孫瓚，被趙云所救。趙云（張山飾）本是袁紹部將，見袁紹無忠君救民之心，于是棄袁紹而投了公孫瓚，但不受重用。在江東，孫堅攻荊州，被劉表軍士用亂箭射死。此時，司徒王允在長安設下連環計，讓董卓和呂布為爭奪歌JI貂嬋而發生沖突，董卓被殺。董卓部將又反撲過來，殺了王允全家。在軍閥混戰中，青州黃巾又起，曹操前往收降了三十余萬人，擇精壯者編為青州軍，其余軍士放歸務農，從此威名大振，朝廷封曹操為鎮東將軍，屯駐兗州。這時，曹操老父被黃巾降將所害，操為報父仇，盡起兵馬親討降將新主徐州陶謙。劉備從公孫瓚處借趙云和兵馬解救陶謙，曹操因呂布助張邈奪取兗州而退兵，徐州解圍。陶謙三讓徐州，劉備終受，暫管徐州軍政事務。曹操與呂布混戰，收復兗州。

中忍考試第二場比賽開始了，搶奪旗幟戰的規則是在守住自家旗幟的同時進攻敵陣，這場比賽將要淘汰半數的隊伍。第七班選擇博人駐守陣地，而巳月和佐良娜展開攻勢，讓他們沒想到的是敵方三人全都選擇進攻，千鈞一發之際博人使用了科學忍具。得知兒子通過第二場比賽后鳴人非常高興，但他還不知道博人的作弊行為。

為了抓捕肆意妄為的白夜團，警務部命令下忍們在平時任務中多加留意白夜團的動向，但禁止戰斗。巖部不聽勸告前去追捕白夜團，梅塔爾在戰斗中不幸負傷，博人等人前來探病時看到電視正在播放白夜團的新聞，雖然白夜團擾亂治安但也確實有人對他們心存感激，鹿臺對此陷入了迷茫。