警方確定了一起寶石搶劫案的嫌疑人，嫌疑人鷹取嚴男躲在一個倉庫里，不知為何柯南與小五郎也在場。警方突破倉庫門進入準備抓捕嫌疑人時，鷹取嚴男打開事先設下的陷阱，趁現場混亂之時綁架了柯南當做人質逃跑。柯南在犯人車上伺機逃跑，不料卻跑進死胡同里被抓。無奈之下柯南被帶到了一個荒廢的倉庫里，犯人鷹取嚴男究竟想讓柯南做些什么？

小五郎和柯南準備外出吃飯的時候正巧看到了交通事故，駕駛車輛的是菊池俊明，而被撞死的人是他的熟人堤先生，看到堤的尸體后菊池痛哭流涕，而警方在堤的外套里找到了一封遺書，據此將這起事故作為自殺案件處理。菊池的舉動和現場的細節引起了柯南的懷疑，他知道這并不是一起自殺案件。

在被害人波土的遺物中發現了他親手所寫的字條，經紀人和社長隨即回憶起了波土生前的往事，眾人這才得知經紀人小姐原來竟是波土的前女友。而在舞臺上發現的繩索和折疊椅也為柯南等人提供了線索，經過波本對繩索的一番講解和演示，眾人共同推理出了波土的死因和兇手的真實身份。

阿笠博士帶著少年偵探團去朋友家的別墅玩，眾人卻在別墅的院子里發現一名倒在血泊中的男子，經證實此人正是俗稱“佐羅”的連環搶劫縱火犯的同黨伊勢原祐二。為了解開謎團，柯南只身一人前往深山，目睹了佐羅意圖殺害伊勢的場面。想要解圍的柯南在和伊勢一起逃亡的過程中被逼上了臨海的懸崖，在佐羅的追殺中不慎墜落懸崖的二人命運將會如何？

不分晝夜騎著巨大摩托車四處游蕩的天城達也遇害，生前給周圍居民帶來不小困擾的他遭到了人們的冷漠對待，大家都很慶幸有人殺了他。應當擔任與天城達也溝通協商的居委會會長番藤彥一死在了自己的家中，雖然現場布置成了自殺的模樣，但柯南和小五郎還是看出了端倪，這一點被咖啡廳的老板金滿豐子證實，她提出昨晚番藤根本就不會與天城見面。