小五郎等人乘坐B(niǎo)ONNET公交車(chē)，來(lái)到一個(gè)叫“影秋村”的地方，中途上同車(chē)的村民奧村喝了自己帶的茶后死亡了。小五郎和柯南自動(dòng)在“影秋村”展開(kāi)搜查。村民們就是否交給警察調(diào)查與警方發(fā)生了沖突。原來(lái)村民就是否將卡扭車(chē)作為觀光車(chē)分成了兩派而奧村作為反對(duì)派的代表同村長(zhǎng)為代表的贊成派一直有沖突。此時(shí)村長(zhǎng)船木出現(xiàn)并提出委托費(fèi)為100萬(wàn)日元的委托。之后柯南得知村子里7年前的事故。夜晚在尾隨塔子的柯南卻聽(tīng)到為了找他而進(jìn)入神社的蘭的尖叫聲！？

為找尋更多的線索，服部向胴口詢問(wèn)起袴田與垂見(jiàn)之間的恩怨，不想他卻避而不答反而找來(lái)袴田教訓(xùn)服部，之后他又遇到了當(dāng)時(shí)在二館外的學(xué)生，據(jù)目擊人說(shuō)所，案發(fā)時(shí)他們?cè)吹揭粋€(gè)頭戴面具，身背護(hù)具袋的人進(jìn)出這里，聽(tīng)到這些證詞之后，服部終于知道了兇手是誰(shuí)以及他所使用的手法，而此時(shí)，柯南等人也趕到了比賽會(huì)場(chǎng)，聽(tīng)了警察對(duì)案情的描述之后，柯南急忙趕往服部所在的二館倉(cāng)庫(kù)，卻發(fā)現(xiàn)服部早已將兇手制服。

柯南本想找坐在旁邊的灰原商量，可是灰原依舊渾身發(fā)抖，并在茱蒂老師詢問(wèn)灰原身份時(shí)，對(duì)柯南發(fā)出暗示，柯南突然意識(shí)到可能有黑衣組織的人在車(chē)上，然而當(dāng)務(wù)之急是找出歹徒的同伙，當(dāng)公車(chē)駛?cè)胨淼罆r(shí)，歹徒讓咳嗽的乘客和新出老師換上他們的衣服并準(zhǔn)備帶走一名人質(zhì)以方便逃脫，所幸柯南看穿了他們的計(jì)劃，他指揮少年偵探隊(duì)做好準(zhǔn)備，在公車(chē)出隧道的一瞬間采取行動(dòng)……

砂岡被槍殺了，來(lái)福槍在山里被發(fā)現(xiàn)所以認(rèn)為是外部的人干的。但是有疑點(diǎn)，柯南在詢問(wèn)了小五郎之前與砂岡的電話內(nèi)容之后明白了明白山莊里的人物也可以殺人后，柯南發(fā)現(xiàn)了散落的玻璃碎片，明白了犯罪的手法。再一次的借毛利小五郎的身份指出了犯人。而犯人的計(jì)劃也因?yàn)樾由险车降牟Ａ槠媸　?/p>

茂木認(rèn)為小五郎是兇手而開(kāi)槍將他射傷，當(dāng)前來(lái)“黃昏別館”的所有名偵探都命喪黃泉時(shí)，電腦上居然出現(xiàn)了一行關(guān)于寶藏的信息，一直躲在監(jiān)視器操控室的神秘幕后黑手終于按捺不住露出了真面目，沒(méi)想到這個(gè)人居然是……柯南引導(dǎo)她說(shuō)出了整件事的真相，而這時(shí)，本應(yīng)死去的偵探們居然都出現(xiàn)在門(mén)口，可到底是怎么回事？這棟別墅的寶藏又是什么？