柯南、小五郎陪園子和小蘭逛街的時候，在公園的廁所里發(fā)現(xiàn)了一具被不明人士勒斃的女尸，身穿流行哥特蘿莉裝的被害者名叫久瀨，柯南他們之前曾在新宿的咖啡廳與她有過一面之緣，她當(dāng)時只在座位上坐了一下什么也沒點就去了店外的廁所，之后與她約見的朋友莊堂來到店里，但久瀨卻再也沒有出現(xiàn)。雖然柯南他們懷疑莊堂就是兇手，但她卻有完美的不在場證明。

連續(xù)三年都會在生日時會收到恐嚇信的保科琉璍子，為了今年的生日會能夠順利舉行而邀請毛利作為保鏢。來到保科宅邸的小五郎眾人發(fā)現(xiàn)屋子里有著眾多的時鐘，而對于時鐘的準(zhǔn)時性屋子的主任琉璍子也似乎有著非常人的執(zhí)著。在參觀屋子的時候柯南眾人還得知了屋子以前發(fā)生的事故，就在生日宴會中剛剛吹熄蠟燭的琉璍子突然被刺身亡！

警方在那海的家中并沒有發(fā)現(xiàn)跟蹤狂出現(xiàn)的痕跡 ，可是兇手如果是那海，她又是如何犯案的呢？因為她的不在場證明人正是白鳥警官。白鳥警官打電話讓高木在電影院調(diào)查，并讓他買飲料證實自己的想法，雖然這個結(jié)果讓白鳥警官難以承受，但是為了揭露真相，他揪出了兇手并破解了她的犯案手法，待一切塵埃落定，白鳥警官陷入了消沉的漩渦，就在這時出現(xiàn)了一個人……

柯南用變聲領(lǐng)結(jié)將其中一名搶匪引到廁所并和大家一起將他制服，根據(jù)茱蒂老師提供的線索即搶匪注重時間以及讓認(rèn)識的人互相捆綁這兩點，柯南推斷出了搶匪的目的以及他們的逃跑計劃，于是，少年偵探團(tuán)在柯南的指揮下相互配合，爭分奪秒的把即將爆炸的炸彈送進(jìn)電梯里，之后，柯南又將計就計把混在人質(zhì)中剩下的三名人質(zhì)揪了出來，本以為一切就此結(jié)束，沒想到……

園子的次郎吉叔祖父要舉辦龍馬展，而怪盜基德則發(fā)出了預(yù)告狀。但奇怪的是這次基德發(fā)出的是歸還物品的預(yù)告狀！而從叔祖父那里園子他們了解到這次次郎吉只是借出了博物館場地，而展覽的主辦發(fā)則是樽見。為了對抗基德，幾次郎在展覽場地安排了特別“基德歸還處”就在眾人在處處提防怪盜基德的時候柯南發(fā)覺了基德指定的日期是雨天。但基德的用意究竟何在？