少年偵探團(tuán)利用連休來(lái)到了京都，他們是為了乘坐神盾艦體驗(yàn)航海的樂(lè)趣，但跟著他們一起前來(lái)的園子、小蘭和小五郎卻對(duì)小吃和酒更感興趣。京都的日式甜點(diǎn)是小蘭非常喜歡的甜點(diǎn)，但她購(gòu)買(mǎi)的老店中卻沒(méi)有了巧克力口味，慌忙跑進(jìn)來(lái)的社長(zhǎng)竟然稱(chēng)所有分店的巧克力口味都憑空消失了，聽(tīng)到小五郎名號(hào)的社長(zhǎng)急忙拜托調(diào)查。

帶走柯南的女子真名是蒲川情奈，她是被三名強(qiáng)盜殺害的銀行員賢也的女友，為了替賢也復(fù)仇的她一再犯下罪行。同一時(shí)間小五郎等人借助安室的推理逐漸逼近事件的真相，并馬上前往最后一位搶劫犯的住處，另外阿笠博士和世良等人也趕了過(guò)來(lái)，而柯南已經(jīng)跟著情奈前往可能是最后一位搶匪的三位女性那里。

為了補(bǔ)償先前被卷入鈴木號(hào)特快車(chē)內(nèi)發(fā)生的恐怖事件，園子邀請(qǐng)毛利一家和柯南前往度假，而暴露身份的波本竟然以網(wǎng)球特別教練的身份也出現(xiàn)在那里，被球拍砸到的柯南不幸受傷，簡(jiǎn)單的治療之后他被帶到附近網(wǎng)球社成員的別墅休息，當(dāng)他醒來(lái)時(shí)卻發(fā)現(xiàn)房間里有一具不自然的尸體。

洋房的主人傳了封群組訊息集合所有的兄弟姐妹，此時(shí)大家看到了浮現(xiàn)在窗邊驚悚模樣的主人，一起目擊了飛翔在天空中的怪物，隨后他們還發(fā)現(xiàn)了次男的尸體，案件愈發(fā)的破朔迷離。這起靈異的命案和之前洋房主人未婚妻的事故有著千絲萬(wàn)縷的關(guān)系，而策劃那起事故的正是兄弟姐妹中的某人。

被初音小姐雇傭的偵探安室透在調(diào)查伴場(chǎng)先生時(shí)發(fā)現(xiàn)了一件事，初音小姐和伴場(chǎng)先生都是從同一間飯店獲救的嬰兒，兩人都是在身份不明的情況下在同一所教會(huì)中撫養(yǎng)長(zhǎng)大，聽(tīng)到這些之后的初音非常在意。所有的證據(jù)都指向了伴場(chǎng)先生，在車(chē)底找到初音小姐掉落指甲的柯南似乎看出了事情的真相，這背后或許有著令人悲傷的事實(shí)。