少年偵探團(tuán)幫隔壁班浩樹(shù)找貓的時(shí)候，無(wú)意中在一戶人家的浴室里發(fā)現(xiàn)尸體，柯南趕緊叫來(lái)警察調(diào)查，開(kāi)門的是一個(gè)脾氣很差的大叔，柯南沖進(jìn)浴室卻發(fā)現(xiàn)尸體不見(jiàn)了，而這個(gè)大叔卻表示什么都不知道，自己則回二樓去睡覺(jué)讓警察隨便找，這時(shí)，臭脾氣大叔的弟弟回家并幫忙一起尋找，經(jīng)過(guò)一天的搜查，警察無(wú)獲而返，但是不甘心的偵探團(tuán)在夜里繼續(xù)調(diào)查，柯南一人潛入，卻遇到了危險(xiǎn)……

小五郎帶著小蘭等人去京都參朋友的婚禮，在新干線上柯南看見(jiàn)了兩名可疑黑衣男子，他利用阿笠博士送他的眼鏡竊聽(tīng)到了不得了的事情——這輛新干線上有炸彈并且即將爆炸，眼看黑衣人離開(kāi)新干線，柯南只能憑自己找到那只裝有炸彈的黑皮箱，鎖定了炸彈所在的車廂后，柯南對(duì)車廂里的四人進(jìn)行試探，卻毫無(wú)頭緒，關(guān)鍵時(shí)刻元太的一句話提醒了他。

這天，少年偵探團(tuán)跟阿笠博士一起來(lái)到電影“哥美拉”的拍攝現(xiàn)場(chǎng)由博士的朋友三上導(dǎo)演帶著參觀。但這是電影的制片人龜井卻說(shuō)出了電影要在今年終結(jié)的事實(shí)。突然從休息室傳出了松井的哀嚎聲，原來(lái)松井竟然被人刺殺！當(dāng)少年偵探團(tuán)的各位趕到片場(chǎng)時(shí)看到了哥美拉刺殺龜井的現(xiàn)場(chǎng)！在追蹤哥美拉后只找到被焚燒的哥美拉服。看似毫無(wú)頭緒的現(xiàn)場(chǎng)在柯南縝密的勘察下最終發(fā)現(xiàn)了犯人的身份。

少年偵探團(tuán)，在機(jī)緣巧合下和最受歡迎組合TWO-MIX的主唱高山美奈美一起吃飯，高山為找搭檔永野椎菜，一人跑出了演唱會(huì)的會(huì)場(chǎng)。后來(lái)在餐廳外，歹徒當(dāng)著柯南的面將高山推入車中綁架，他們要求少年偵探團(tuán)拿著TWO-MIX最新的歌曲練習(xí)帶去交換人質(zhì)，歹徒在電話里讓少年偵探團(tuán)把警察甩掉并讓步美一人前去，于是柯南和步美調(diào)換身份。

在銀行的出租保險(xiǎn)箱里面，躺著銀行員工園田真知子的屍體，而且外面的鐵門還拉下，在外面還貼了一張報(bào)警就會(huì)引爆炸彈的紙。新一先將屍體跟室內(nèi)的狀況拍攝下來(lái)，并且要小五郎確認(rèn)倒在里面的女子是不是真知子。小五郎表示突然接到真知子的電話，請(qǐng)他到銀行來(lái)說(shuō)有事情跟他商量，可是當(dāng)他到銀行時(shí)，真知子就已經(jīng)倒在里面...