小五郎，蘭，柯南一行人受到虎田直信的委托，負(fù)責(zé)調(diào)查他的兒子義郎離奇死亡的案件，與此同時(shí)，服部在虎田的死對(duì)頭龍尾家調(diào)查他兒子康司的死亡，與義郎相同，康司的尸體旁也擺放了一只死蜈蚣。當(dāng)晚，和葉和小蘭看到了身著鎧甲的戰(zhàn)敗武士的影子，得知此事后，龍尾家的綾華神大驚失色跑了出去，而發(fā)現(xiàn)她的時(shí)候，她已經(jīng)被吊死在一顆樹(shù)上，腳下同樣出現(xiàn)了一只死蜈蚣。

放課后，小林老師神神秘秘的讓同學(xué)們都離開(kāi)教室，待大家午餐完畢返回教室，卻發(fā)現(xiàn)黑板上留有一張“怪人二百面相”的字條，柯南一眼就看穿了這個(gè)江戶川亂步迷老師的意圖，之后，同學(xué)們又紛紛從自己的抽屜里找到了數(shù)字和篩子的圖紙，柯南輕松看出暗號(hào)的所指，就在他要揭秘時(shí)卻被廣播叫走，解謎的重任就交給了1年B班所有同學(xué)，沒(méi)有柯南的幫助，他們能否解開(kāi)暗號(hào)找到老師呢？

柯南、少年偵探團(tuán)、哀、阿笠博士來(lái)到阿笠博士友人所在村莊觀光，在夜晚的溪邊等待放螢火蟲(chóng)時(shí)，村長(zhǎng)的兒子中嶺和助手垂水乘坐運(yùn)送螢火蟲(chóng)的貨車(chē)到達(dá)。垂水打開(kāi)貨車(chē)上的箱子，螢火蟲(chóng)便成群結(jié)隊(duì)的飛了出來(lái)。元太為了要抓螢火蟲(chóng)，爬上了貨車(chē)，隨手拿走了貨車(chē)上的手電。在大家陶醉于欣賞螢火蟲(chóng)時(shí)，助手垂水接到一通中嶺打來(lái)的電話，說(shuō)中嶺在烏帽巖，救命。柯南等人到達(dá)時(shí)，發(fā)現(xiàn)中嶺已經(jīng)死在車(chē)內(nèi)，地上放著疑似有毒的飲料瓶，車(chē)內(nèi)還飛著一只……螢火蟲(chóng)。。。

服部平次vs工藤新一 滑雪場(chǎng)的推理對(duì)決(上集)2平次和柯南打電話的時(shí)候，講起了自己在初中時(shí)期遇到的一個(gè)未曾謀面的勁敵。當(dāng)時(shí)，平次和同學(xué)們一起來(lái)山里滑雪，不想遇見(jiàn)一起命案，而死者正是著名演員箕輪獎(jiǎng)兵，這起案件與四年前曾在這里發(fā)生過(guò)的命案極其相似，受害者都是死在纜車(chē)上并且身邊的背包里全是雪。在調(diào)查過(guò)程中，服部總會(huì)從別人口中聽(tīng)到一個(gè)同樣參與破案的初中生，而這個(gè)人正是工藤新一，服部不由和這個(gè)“隱形”對(duì)手較起了勁。

赤井秀一按照約定來(lái)到會(huì)面地點(diǎn)，水無(wú)憐奈也早已等候在那里，她拔槍直接射穿秀一的肺部，之后又按照今恩的指示朝他的頭開(kāi)槍?zhuān)@時(shí)，巡邏警車(chē)趕來(lái)，水無(wú)憐奈在留下一枚炸彈后匆忙離開(kāi)。當(dāng)FBI得知消息后，爆炸的車(chē)內(nèi)只剩下一具燒焦的尸體，在不暴露秀一身份的情況下，茱蒂確認(rèn)了那具尸體確實(shí)是赤井秀一，雖然損失巨大，卻保住了水無(wú)憐奈。