柯南所在的班里來(lái)了一位新老師名叫若狹留美，若狹老師想在體育課前用石灰畫(huà)線，卻發(fā)現(xiàn)石灰已經(jīng)用完了。柯南告訴若狹老師舊倉(cāng)庫(kù)里可能有石灰，元太和光彥開(kāi)玩笑說(shuō)舊倉(cāng)庫(kù)有幽靈出沒(méi)，若狹老師感到很害怕，便拜托少年偵探團(tuán)一同前往舊倉(cāng)庫(kù)。在尋找石灰的過(guò)程中，柯南發(fā)現(xiàn)一扇通往地下的門(mén)，眾人合力打開(kāi)門(mén)后，卻驚人地發(fā)現(xiàn)了一具骸骨……

為了紀(jì)念戰(zhàn)國(guó)武將信長(zhǎng)入主岐阜城450周年，偵探少年團(tuán)和阿笠博士來(lái)到岐阜市內(nèi)游玩。在光彥的提議下，眾人共同觀看了當(dāng)?shù)氐挠⑿坌惚硌荨１硌萁Y(jié)束后，光彥因想得到簽名而獨(dú)自返回觀看場(chǎng)所，然而他卻在尋找表演人員的過(guò)程中遭到綁架……與此同時(shí)，在博物館展出的信長(zhǎng)公像也一并失竊。光彥能否獲救？柯南眾人尋盡線索，希望迅速找出幕后黑手。

唐三帶著小舞急匆匆趕回學(xué)苑，準(zhǔn)備參加下午的魂師會(huì)長(zhǎng)競(jìng)選大會(huì)，小舞信心滿(mǎn)滿(mǎn)，沒(méi)想到競(jìng)選大會(huì)早已經(jīng)結(jié)束了，蕭塵宇仗著人多勢(shì)眾當(dāng)選了魂師會(huì)會(huì)長(zhǎng)，還給附課生準(zhǔn)備了一份課程表，上午干活，下午還要工作，不但沒(méi)有時(shí)間上課，就連魂力訓(xùn)練也不能參加，根本不可能提升武魂，蕭塵宇擺明就是針對(duì)唐三和小舞，王圣忍不住替唐三打抱不平，勸他們倆趁早逃走，因?yàn)橹Z丁城和學(xué)苑都是蕭氏家族的。唐三無(wú)意中發(fā)現(xiàn)城主府的魂師凌風(fēng)派人抬著一個(gè)笨重的鐵籠子來(lái)到學(xué)苑，柳龍把他們帶到后院一間空房子里。唐三滿(mǎn)腹疑慮，就用意念召喚藍(lán)銀草，想進(jìn)去一看究竟，可唐三連試了幾次都不成功，他穩(wěn)定心神讓自己靜下心來(lái)，藍(lán)銀草越長(zhǎng)越大，他借助藤蔓爬上房頂，看到鐵籠子里是一只幽冥狼，那是凌風(fēng)抓來(lái)的，蕭塵宇拔劍殺死了這只狼，鐵籠子上方出現(xiàn)一圈白色的魂環(huán)，蕭塵宇把魂環(huán)緊緊握在手心里，他瞬間成為真正的魂師，揚(yáng)言要和唐三決一死戰(zhàn)。唐三連夜去找玉小剛請(qǐng)教，玉小剛勸他趁早放棄，蕭塵宇想要的是小舞，唐三不服氣，玉小剛答應(yīng)幫他獲得魂環(huán)，讓他今晚準(zhǔn)時(shí)來(lái)見(jiàn)面。深夜時(shí)分，唐三看到小舞已經(jīng)熟睡，就匆匆趕來(lái)見(jiàn)玉小剛，玉小剛要帶他去獵獸森林打魂獸得魂環(huán)，可是需要武魂殿的通關(guān)手令才能進(jìn)森

17年前日本將棋四冠王羽田浩司遇襲案讓柯南非常在意，和他同日遇害的還有同一酒店的美國(guó)資本家阿曼達(dá)，柯南和灰原推測(cè)這是組織所為，但羽田浩司遇害時(shí)的房間卻不像是組織的一貫風(fēng)格。地產(chǎn)公司社長(zhǎng)被害時(shí)手里拿著阿笠博士發(fā)明的剪刀，目暮警官請(qǐng)阿笠博士來(lái)說(shuō)明剪刀的用途看是否能為破案提供幫助，柯南注意到這次的案件卻與17年前羽田浩司遇害案非常相似。

小五郎和柯南準(zhǔn)備外出吃飯的時(shí)候正巧看到了交通事故，駕駛車(chē)輛的是菊池俊明，而被撞死的人是他的熟人堤先生，看到堤的尸體后菊池痛哭流涕，而警方在堤的外套里找到了一封遺書(shū)，據(jù)此將這起事故作為自殺案件處理。菊池的舉動(dòng)和現(xiàn)場(chǎng)的細(xì)節(jié)引起了柯南的懷疑，他知道這并不是一起自殺案件。