妖怪倉(cāng)庫(kù)是把貴重的物品放進(jìn)里面就會(huì)立刻消失的倉(cāng)庫(kù)，少年偵探團(tuán)為了弄清真相決定一探究竟，元太他們?yōu)榱俗尶履下冻鰺o(wú)話可說(shuō)的表情而干勁滿滿。在調(diào)查了倉(cāng)庫(kù)內(nèi)部之后，柯南只看到了地板上留下的零星腳印和嵌在墻上的大算盤，除此之外別無(wú)他物。但從外面的天窗向里面看的話，就能看到堆積如山的寶物，可意外的是當(dāng)再次打開倉(cāng)庫(kù)的門時(shí)，里面的寶物就全都消失不見，柯南提出的天花板和地板機(jī)關(guān)的猜想被光彥等人否認(rèn)，難道妖怪倉(cāng)庫(kù)真的存在？

這天是米花大學(xué)的校慶，小五郎作為畢業(yè)嘉賓帶著柯南，小蘭和園子前來(lái)參加。這是米花大學(xué)學(xué)生辻榮尊座邀請(qǐng)小蘭來(lái)幫忙看看僵尸表演是否到位。之后柯南，小蘭和園子在尊座和貴士的帶領(lǐng)下參觀了他們?cè)O(shè)計(jì)的絕叫病棟，就在被他們精湛的設(shè)計(jì)和表演嚇到的同時(shí)發(fā)現(xiàn)成員之一安菜沒(méi)有按計(jì)劃起身嚇人，走進(jìn)之后發(fā)現(xiàn)安菜已經(jīng)中毒身亡！隨著調(diào)查的深入，一個(gè)月之前橋口中毒身亡的事情也逐漸浮出水面。

阿笠博士帶著少年偵探團(tuán)到深山里挖竹筍的時(shí)候，車子突然出現(xiàn)故障，柯南等人被迫留在深山之中。為了避雨而來(lái)到這里別墅區(qū)的少年偵探團(tuán)被一陣鋼琴聲所吸引，于是，大伙兒進(jìn)入這棟別墅，雖然這里有人生活的痕跡卻沒(méi)有看到半個(gè)人影，而且留在現(xiàn)場(chǎng)的日記還寫著可怕的內(nèi)容，之后大家決定找出日記中出現(xiàn)的被綁架男孩，這時(shí)，屋內(nèi)突然停電，伴隨著少年偵探團(tuán)的恐慌鋼琴聲再次響起。

差點(diǎn)被警察發(fā)現(xiàn)的柯南和大嶺及時(shí)被阿笠博士帶走，之后小五郎也趕到阿笠博士家，聽完柯南的分析，大家決定先找到大嶺當(dāng)時(shí)所使用的空包彈手槍，被柯南找到的手槍成為了大嶺洗清嫌疑的關(guān)鍵證據(jù)，接下來(lái)就是尋找將罪名嫁禍給大嶺的真兇，柯南再次前往遭到槍襲的地下室，并在這里發(fā)現(xiàn)了兇手留下的線索，為了讓兇手自己露出馬腳，柯南計(jì)劃了一出好戲……

法庭的對(duì)決Ⅳ 陪審員 小林澄子(下集)妃英理按照柯南的要求向被告人巖松詢問(wèn)了房間里消失花瓶的事情，巖松說(shuō)他當(dāng)時(shí)確實(shí)看到了花瓶，事情如柯南料想一般，就在這時(shí)，九條檢查官打來(lái)電話說(shuō)已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了兇器，面對(duì)突然出現(xiàn)的越來(lái)越多的不利證據(jù)，柯南決定幫助妃英理，他讓元太等人打探出女傭和花瓶的事情，得到證實(shí)后，他又和小五郎暗中蹲守，終于掌握了決定性證據(jù)。開庭當(dāng)天，柯南將小五郎麻醉，道出了事情的真相。