小蘭的母親妃英理在自己的事務所突然被人綁架，但她趁綁匪不注意躲進了廢棄的大樓內，并用搶來的手機向小蘭求救，雖然遭到了綁匪的干擾但柯南還是分辨出來了妃英理所發的信息內容，從中獲得了一些線索后柯南帶領小蘭和小五郎立刻展開救援，但被綁架的地點可能有兩處，柯南能在危急時刻找到正確的位置嗎？

柯南所在的班里來了一位新老師名叫若狹留美，若狹老師想在體育課前用石灰畫線，卻發現石灰已經用完了。柯南告訴若狹老師舊倉庫里可能有石灰，元太和光彥開玩笑說舊倉庫有幽靈出沒，若狹老師感到很害怕，便拜托少年偵探團一同前往舊倉庫。在尋找石灰的過程中，柯南發現一扇通往地下的門，眾人合力打開門后，卻驚人地發現了一具骸骨……

唐三為小舞梳頭，不由地聊起了各自的家庭，兩個人越聊越投機，小舞高高興興去吃飯，王圣等人趕忙湊過來好奇地問東問西，唐三心里坦蕩蕩，他夸小舞是一個很單純的姑娘。蕭塵宇派柳龍在女生寢室找了一大圈，也不見小舞的人影，沒想到小舞竟然住在七舍，而且還是這里的老大，蕭塵宇大為惱火。小舞興沖沖拉著唐三去食堂吃飯，蕭塵宇邀請小舞去魂師會館吃好吃的，小舞根本不領情，柳龍沖小舞大呼小叫，要強行拉她走，小舞飛起一腳把柳龍打翻在地，蕭塵宇惱羞成怒，還搬出苑長是他三叔來說事，唐三根本不買賬，拉起小舞就去食堂吃飯了。理論課考試的時候，柳龍不會答題，就搶了王圣的卷子，還倒打一耙，誣陷王圣作弊，唐三和小舞站出來揭穿柳龍，監考老師不容分說把柳龍和王圣趕出去。接下來就是武魂格斗課，教官讓蕭塵宇給同學們做示范，蕭塵宇讓唐三做他的搭檔，其實就是想讓唐三當活靶子，趁此機會好好教訓唐三，蕭塵宇揮拳擊打唐三胸口，他被打得站立不穩差點摔倒，蕭塵宇步步緊逼，招招致命，一一被唐三巧妙化解，兩個學員分別死死拉住唐三的手臂，蕭塵宇揮拳狠狠打向他的腹部，唐三紋絲不動，蕭塵宇感覺有一股巨大的反擊力量，十分驚訝唐三如何反擊的。教官讓學員們擊打沙袋練

柯南從無人機上墜落后便失去了犯人的線索，就在眾人一籌莫展的時候佐藤警官打來電話，她稱發現了犯人。佐藤警官上前拘捕犯人卻反被挾持，柯南和高木等人趕到后協力制服了犯人，但手提包內的1億日元卻不翼而飛。另一方面，本該被綁架的麻奈美小姐正在美術館欣賞裕之的作品，而這背后到底是誰在搞鬼？

小五郎讓柯南和小蘭陪他一起去位于大分的別府溫泉旅行，說到別府溫泉最有名的莫過于地獄巡游之旅，就在小蘭和柯南興致勃勃討論的時候小五郎卻在一旁默不作聲。在柯南和小蘭的逼問下小五郎才說出了實情，這次的旅行目的是尋找仲代電氣社長的女兒麻奈美，柯南根據照片找到了麻奈美所住的旅館，但這僅僅只是開始。