這天，少年偵探團(tuán)跟阿笠博士一起來(lái)到電影“哥美拉”的拍攝現(xiàn)場(chǎng)由博士的朋友三上導(dǎo)演帶著參觀。但這是電影的制片人龜井卻說(shuō)出了電影要在今年終結(jié)的事實(shí)。突然從休息室傳出了松井的哀嚎聲，原來(lái)松井竟然被人刺殺！當(dāng)少年偵探團(tuán)的各位趕到片場(chǎng)時(shí)看到了哥美拉刺殺龜井的現(xiàn)場(chǎng)！在追蹤哥美拉后只找到被焚燒的哥美拉服?？此坪翢o(wú)頭緒的現(xiàn)場(chǎng)在柯南縝密的勘察下最終發(fā)現(xiàn)了犯人的身份。

茶木警官讓所有賓客互相做暗號(hào)，防止基德混入其中，這時(shí)，船內(nèi)突然暗了下來(lái)，光束中基德出現(xiàn)，鈴木夫人毫不猶豫開(kāi)槍射向他，一片混亂中，鈴木夫人解釋這是她請(qǐng)來(lái)的真田魔術(shù)師，小蘭在紙牌魔術(shù)中抽到了基德的留言，而這時(shí)一顆顆散落的珍珠在地上爆炸，賓客們?cè)陝?dòng)不安，戴在鈴木夫人身上的「黑暗星辰」也被偷走，柯南拉著小蘭來(lái)到機(jī)房說(shuō)他已知道誰(shuí)是基德……

柯南、小蘭和小五郎碰帶了一個(gè)深情恍惚的少女，送去醫(yī)院檢查后，醫(yī)生說(shuō)少女暫時(shí)失去記憶，幾人從僅有的信息中找到了她所住的飯店，柯南不停的詢(xún)問(wèn)讓少女頭疼而跑出酒店，突然有一輛汽車(chē)迎面開(kāi)來(lái)，但少女靈敏被避開(kāi)，調(diào)查過(guò)程中柯南發(fā)現(xiàn)這名女子身手矯健總能避開(kāi)危險(xiǎn)，她到底是什么人？為什么總遭到襲擊？

柯南和小蘭在參加天下第一夜祭時(shí)碰到了作家世井，他讓小蘭幫忙拍了幾張照片，這時(shí)，橫溝警官找到世井說(shuō)他的朋友今竹被殺，大家一起趕往犯罪現(xiàn)場(chǎng)，期間，世井用自己的文稿代替今竹的交給了《文藝時(shí)代》的記者，種種跡象表明世井就是兇手，可讓人棘手的是此人有不在場(chǎng)證明——相機(jī)里那些照片，仔細(xì)推敲后柯南發(fā)現(xiàn)了其中的破綻。

小五郎開(kāi)車(chē)的時(shí)候幫助了車(chē)子出故障的堀田耕作，為表謝意，耕作留小五郎三人參加他的慶生聚會(huì)，期間耕作因兒女們的爭(zhēng)吵以及女兒文子的到來(lái)大發(fā)雷霆而離席，之后，他的房間發(fā)生大爆炸，柯南在現(xiàn)場(chǎng)發(fā)現(xiàn)了兒子良二送給耕作的威士忌盒子，本以為良二是兇手，沒(méi)想到他莫名失蹤，大家又將矛頭指向文子，可文子卻說(shuō)自己雖恨父親，可兇手不是她，這時(shí)，柯南看到了室外的化肥……