前往海邊釣魚(yú)的柯南等人，在和代替阿笠博士來(lái)迎接他們的沖矢昴一起回去的路上，順道去了有著神奇?zhèn)髡f(shuō)的一角巖參觀，在這里大伙兒看到巖石上面刻著“青魚(yú)、鯉魚(yú)、鯛魚(yú)和比目魚(yú)”四種魚(yú)名并且還發(fā)現(xiàn)了一名身穿潛水服的女性遺體，雖然狀似意外脫水而亡但這卻瞞不過(guò)柯南的眼睛，根據(jù)口紅和調(diào)節(jié)器他推斷出這是一起殺人事件。

妖怪倉(cāng)庫(kù)是把貴重的物品放進(jìn)里面就會(huì)立刻消失的倉(cāng)庫(kù)，少年偵探團(tuán)為了弄清真相決定一探究竟，元太他們?yōu)榱俗尶履下冻鰺o(wú)話可說(shuō)的表情而干勁滿滿。在調(diào)查了倉(cāng)庫(kù)內(nèi)部之后，柯南只看到了地板上留下的零星腳印和嵌在墻上的大算盤(pán)，除此之外別無(wú)他物。但從外面的天窗向里面看的話，就能看到堆積如山的寶物，可意外的是當(dāng)再次打開(kāi)倉(cāng)庫(kù)的門(mén)時(shí)，里面的寶物就全都消失不見(jiàn)，柯南提出的天花板和地板機(jī)關(guān)的猜想被光彥等人否認(rèn)，難道妖怪倉(cāng)庫(kù)真的存在？

日賣(mài)電視臺(tái)的特別節(jié)目《全國(guó)小島先生選手權(quán)大賽》即將開(kāi)始，冠軍將會(huì)贏得一千萬(wàn)元的獎(jiǎng)金和一幅價(jià)值不菲的水墨畫(huà)軸，幸運(yùn)的是元太的父親經(jīng)過(guò)層層篩選獲得了參加決賽的資格，然而，就在比賽開(kāi)始之前，主辦者小島權(quán)作不知被誰(shuí)推下了樓梯因而導(dǎo)致死亡，其中能夠使用這個(gè)樓梯的人就只有進(jìn)入決賽的三名小島先生，元太的父親也成為了嫌疑人之一，問(wèn)題的關(guān)鍵是到底誰(shuí)才是元太的爸爸？

這天小五郎帶著柯南和小南外吃吃飯，回家的途中遇到故意向須坂和中北的汽車(chē)，柯南用自己的充氣足球阻止了再次撞向兩人的汽車(chē)。作為答謝片寄邀請(qǐng)小五郎一行來(lái)到家里，而小五郎他們?cè)陂T(mén)口碰到了發(fā)生口角的野笛和荻人。柯南和中北一起在院子里玩耍時(shí)發(fā)現(xiàn)倒地身亡的片寄爺爺！而在調(diào)查過(guò)程中須坂拿出了老爺讓保管的鑰匙，而盒子里留下的卻是一封暗號(hào)信。

柯南、小蘭和小五郎在咖啡廳結(jié)識(shí)了一名叫高畑響子的女士，她從警察那里得知的妹夫福島意外死亡后就匆忙趕回家中，現(xiàn)場(chǎng)除了尸體還有散彈槍和墜落的吊燈，警察準(zhǔn)備以意外事件結(jié)案，但身為死者同學(xué)的千葉警官卻認(rèn)為事情沒(méi)有那么簡(jiǎn)單，他和同樣持有懷疑態(tài)度的柯南暗自展開(kāi)了調(diào)查，不出所料這果然是一起有預(yù)謀的殺人事件！