少年偵探隊(duì)放學(xué)去游戲軟體公司詢問(wèn)第二天新游戲發(fā)售的事情，沒(méi)想到元太因?yàn)橹毕肷蠋鴽_進(jìn)了董事長(zhǎng)的辦公室，慌亂之中還拿走了新游戲的碟片，這讓董事長(zhǎng)很是緊張，因?yàn)榈锸撬麣⑷说挠跋瘢履吓銮煽吹蕉麻L(zhǎng)追元太等人的時(shí)候身上帶了手槍，意識(shí)到元太他們有危險(xiǎn)，便在董事長(zhǎng)身上裝了竊聽(tīng)器，他聽(tīng)到董事長(zhǎng)讓一個(gè)叫BEE的人追殺元太，這個(gè)BEE到底是誰(shuí)？元太他們又能否成功脫險(xiǎn)？

隨著調(diào)查的深入，柯南知道了搶劫珠寶的并不是死者后村，而另有其人，這個(gè)人不僅是搶匪還是殺人兇手，為了讓兇手老實(shí)認(rèn)罪，柯南重現(xiàn)了當(dāng)時(shí)搶匪跳樓的場(chǎng)景，并找到了足以證明他就是兇手的證據(jù)。案件結(jié)束之后，佐藤警官找了高木原本打算送給她的胸針，可沒(méi)想到佐藤警官竟然對(duì)珠寶沒(méi)有興趣，這時(shí)，高木警官才意識(shí)到這一切都是由美的“陰謀”。

某個(gè)炎熱的夏日，博士帶少年偵探隊(duì)來(lái)到山里采集昆蟲，期間，博士出了一道暗號(hào)讓他們進(jìn)行尋寶，內(nèi)容是“丸蟲、家、帳篷”沒(méi)想到這個(gè)暗號(hào)居然難住了柯南。另一方面，在海灘度假的小蘭，打電話給柯南說(shuō)她們那里發(fā)生了命案，死者是與小蘭住一家旅館的見(jiàn)山，之后，她和園子還遭到了攻擊，而唯一的線索就只有死者留下的一串字母。

少年偵探隊(duì)按照暗號(hào)分別找到了剩下的兩個(gè)時(shí)光保存罐，卻發(fā)現(xiàn)在此之前有人曾將它們挖出來(lái)過(guò)而且最后一個(gè)發(fā)現(xiàn)的時(shí)光保存罐里面竟然有一封信，將所有的字條擺在一起，真相也愈發(fā)明晰，柯南在阿笠博士的幫助下揭露了真兇，沒(méi)想到事情的癥結(jié)可以追溯的十五年前……

柯南、小五郎和小蘭一起到神話故鄉(xiāng)出云旅游，并在這里認(rèn)識(shí)了兩情相悅卻無(wú)法在一起的江角榮子和福間良介，次日，警察在豬目洞窟發(fā)現(xiàn)了江角的未婚夫鱷淵的尸體，經(jīng)過(guò)篩選，具有殺人動(dòng)機(jī)的有四個(gè)人，除去江角、福間還有藤江和石飛，有目擊者說(shuō)曾見(jiàn)過(guò)福間出現(xiàn)在案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)，可福間卻對(duì)此沉默不語(yǔ)像是在保護(hù)什么人，而江角也和福間出現(xiàn)相同的情況，為證明二人的清白，柯南能找到什么樣的證據(jù)？