小五郎受學生時代認識的房東太太宗田光江之托，開導她最近不知為何事而消沉的孫子阿真，數次敲門無人回應，光江用備份鑰匙把門打開，卻發現屋內一片狼藉，而且墻壁上還涂滿了用紅色蠟筆畫的線，大家在浴室發現了割腕而死的阿真，光江讓柯南找來醫科大學的房客城戶，但已經為時已晚，小五郎斷定這是自殺案件，但光江和柯南卻認為是被人抹殺，這時，大家注意到了在建筑模型里的鑰匙，也就是說這是密室殺人事件！

警方看到落地窗的鎖上有血跡，并在玻璃碎片上了發現了一個小洞，柯南和平次作出大膽推測，期間，柯南因看到遠處樹上掛著的不明物體差點墜落陽臺，而當時在旁邊的菊人卻因為懼高癥，沒有伸出援手，所幸有驚無險。在樹上找到兇器之后，兩人將所有的線索串聯起來，沒錯，兇手就是那個人！他們將所有人都叫到案發現場，說櫻庭就是兇手，可事實真是如此嗎？

原來幸田把從寶石店里偷來的寶石分散埋在了綿貫家的院子里，而警察追過來時幸田稱寶石被埋到了院子里而警方則不得不挖開整個院子。但警察在挖掘后并沒有發現尸體。少年偵探團的各位在調查了綿貫家附近之后發現了綿貫殺害早苗的事實和藏尸的地點。在少年偵探團們的的指引下警方最終找到了早苗的遺體，而遺落的大波斯菊的種子最終說明了早苗鎖在的地點。

半年前銀狐在完成了一件不露痕跡的暗殺后，消失匿跡。某日，一個叫潮文造的房屋中介公司社長，來事務所委托小五郎找出銀狐，接受了他的委托后，柯南和小蘭也隨他們一起來到丹原山，進行登山活動，同行的還有五個登山者高梨恒、平井健一，能勢新吾、三枝恭子和河邊晃，而銀狐很可能就在其中，第一條命案很快就發生了，當晚，小五郎也遭到襲擊……

小蘭的班上轉來了一個叫伊東玉之助學生，受到他的邀請小蘭和柯南一行人來到他的劇團參觀排練過程，柯南發現成員之間似乎有什么問題，沒過多久一樁殺人案件發生了，案發時所有人正好都在舞臺排練，而且柯南等人就坐在觀眾席，那個逃過柯南和劇團人視線犯案的兇手應該就在其中。