步美發現圖書館的書被人撕掉了一頁，氣憤的她決定找出“元兇”，根據借書卡的記載，柯南和步美找到了內藤司，可他今天卻沒上課，與此同時，學校的巖石標本也人被偷偷走，柯南認為這可能是司所為，于是找到了他家，在查看了司的房間后，他們發現了一張寫有暗號的字條，少年偵探團集結智慧，終于在大濱海灘找到了想要喚回逝去母親的司。

少年偵探團、灰原與柯南等人發現小說家萬田年久的弟子原本高平在家中遇害。目暮調查了死亡推定時間內的不在場證明。萬田說他從昨晚起一直把自己關在旅館的房間內、案發時也沒出過房間。高木發現旅館和原本家確實很近。可是，島木說自己確實在旅館的候梯廳等萬田，而萬田的貓最終暴露了他犯罪的事實。而最終萬田也承認了自己的罪行。

著名畫家及川武賴四部曲作品當中的最后一幅《青嵐》被怪盜基德盯上，柯南、小五郎也因此被請到了及川府，然而那幅畫竟然在設有監視器的畫室里瞬間消失不見，與此同時，及川的岳父風景畫大師神原也被發現死在這個房間內，難道兇手是從不殺人的基德？之后及川在柯南的后衣口袋中發現了基德留下的卡片，但柯南一眼就看穿了他的把戲，并推斷出基德就在四名警察之中。

柯南認為這并非單純的自殺事件，期間一定存在兇手X，于是他匆忙跑去調查，與此同時，原本陪委托人床前小百合慢跑的小五郎也察覺到了蛛絲馬跡，當他趕到與浦生良造初次見面的餐館時碰巧遇見了柯南，兩人一起尋找線索，雖然關鍵性的證據被暗中襲來的兇手搶走，但小五郎還是知道了兇手是誰，面對真相與友誼，身為偵探的小五郎該做何選擇？

新一、小蘭和阿笠博士依照暗號的指示一路來到了米花辦事處，并在樓頂找到了最后一個暗號，這個寫有s→w的暗號到底是何含義？阿笠博士說這或許代表方向，而此時出現在西南方的竟是泛紅的夕陽，新一認為這都是爸爸想讓自己看到落日才出的暗號。講完這個十年前的故事后，柯南突然發覺有哪里不對，便重新將這個事件重新梳理，驚奇發現這個謎題其實是……