阿笠博士帶著少年偵探團(tuán)一起去參觀西田在家里建造的水族館時(shí)，遇到了旅行回來的西田的學(xué)生井村，他們用備用鑰匙進(jìn)了房子，沒想到光彥和元太竟然在廁所的浴缸里發(fā)現(xiàn)了西田的尸體，柯南注意到了死者脖子上的針孔、手指上的粘著劑、關(guān)閉的浴室電燈，并且還在步美的提醒下看到了水族箱里死去的蝦，這種種跡象表明西田是被人蓄意謀殺的，可是警察確認(rèn)為這是意外事件，就在他們準(zhǔn)備結(jié)案時(shí)，柯南說出了真相！

在鈴木財(cái)團(tuán)的支持下龍馬展的保全措施做的非常好，而柯南在廁所思考之前遺失的龍馬遺物的時(shí)候基德忽然出現(xiàn)！柯南追著基德來到展館內(nèi)部的時(shí)候發(fā)現(xiàn)園子的袖子上粘到了奇怪奇怪的東西，而柯南也發(fā)現(xiàn)了基德所謂下雨的真實(shí)含義。基德按照約定來到了展館內(nèi)而樽見利用假的被盜信息來出售贗品的事實(shí)也最終曝光。

日賣電視臺(tái)的特別節(jié)目《全國(guó)小島先生選手權(quán)大賽》即將開始，冠軍將會(huì)贏得一千萬元的獎(jiǎng)金和一幅價(jià)值不菲的水墨畫軸，幸運(yùn)的是元太的父親經(jīng)過層層篩選獲得了參加決賽的資格，然而，就在比賽開始之前，主辦者小島權(quán)作不知被誰推下了樓梯因而導(dǎo)致死亡，其中能夠使用這個(gè)樓梯的人就只有進(jìn)入決賽的三名小島先生，元太的父親也成為了嫌疑人之一，問題的關(guān)鍵是到底誰才是元太的爸爸？

阿笠博士的金龜車在半路拋錨，導(dǎo)致他和灰原只能在路邊等便車，碰巧這時(shí)來了一輛前往東京的車子，車主是一對(duì)古怪的情侶，并且灰原還在車內(nèi)發(fā)現(xiàn)了彈孔和血跡，更恐怖的是她聽到這對(duì)情侶說要找到柯南把他弄個(gè)半死之類的話，驚恐的灰原趁機(jī)打電話向柯南求救，沒想到一直按照柯南指示的她竟然被這對(duì)情侶抓個(gè)正著，這兩個(gè)人是黑暗組織成員嗎？柯南又是出于什么原因讓灰原和博士乖乖被抓？

這天小五郎帶著柯南和小南外吃吃飯，回家的途中遇到故意向須坂和中北的汽車，柯南用自己的充氣足球阻止了再次撞向兩人的汽車。作為答謝片寄邀請(qǐng)小五郎一行來到家里，而小五郎他們?cè)陂T口碰到了發(fā)生口角的野笛和荻人。柯南和中北一起在院子里玩耍時(shí)發(fā)現(xiàn)倒地身亡的片寄爺爺！而在調(diào)查過程中須坂拿出了老爺讓保管的鑰匙，而盒子里留下的卻是一封暗號(hào)信。