霧之峰賓館的主人寺院晚上開車出去兜風(fēng)，第二天在停車場發(fā)現(xiàn)坐在車子里的寺院已經(jīng)死了。在調(diào)查的過程中發(fā)現(xiàn)每個人和寺院似乎都有過節(jié)。柯南發(fā)現(xiàn)車罩上裂痕的疑點(diǎn)，而停車場看守的證詞又增加了疑團(tuán)。最終柯南發(fā)現(xiàn)了犯人的犯罪手法并當(dāng)場演示給眾人，而殘留的焦油也暴露了兇手的身份。

柯南和小蘭一行人受到園子的邀請，來到山里的度假小屋吹度山莊制作巧克力，正巧碰到了準(zhǔn)備進(jìn)入森林尋找日本野狼的新聞記者二垣，但到了飄雪的時(shí)候他還沒有回來，柯南和旅店的其他客人一起進(jìn)入森林去尋找，然而找到的卻是陳尸雪地的二垣的尸體，他臉上的血跡被人擦掉，太陽眼鏡也被調(diào)整過，更奇怪的是在他的身旁還放置了亞子的巧克力。

雖然可以確定兇手就是大場先生，但是還有兩個疑點(diǎn)未能破解，就在新一深入調(diào)查的時(shí)候，他的身體突然一陣疼痛，藥物正在漸漸失效，他強(qiáng)忍住即將變小的身體所帶來的痛苦，堅(jiān)持將案件的真相公諸于眾，案件完美解決之后，新一又變回了柯南，再次的突然離開，他將如何向小蘭解釋？

柯南在從大阪回來的新干線中遇上了佐藤警官、高木警官。兩人正在押送毒品的秘密販賣者小倉。途中車內(nèi)發(fā)現(xiàn)可疑的炸彈包裹。就在佐藤前去查看之時(shí)留下高木警官的時(shí)候，犯人小倉要求去廁所，卻在廁所中用刀刺自己的腹部身亡。而在調(diào)查的過程中佐藤發(fā)現(xiàn)小倉血跡的疑點(diǎn)，并推斷出這是他殺時(shí)間而非自殺。

柯南和小蘭到電玩城拍攝大頭貼的時(shí)候，卻在這里遇到了一位專注于射擊游戲任職帝丹高中的英文老師茱蒂，小蘭在她的建議下向一個格斗游戲機(jī)挑戰(zhàn)，最后卻敗在一個游戲玩家尾藤賢吾的手下，沒有想到在與下個對手對決的途中，這個尾藤竟然意外的死在座椅上，調(diào)查之后排除了自殺的可能，那么，兇手一定就在那四嫌犯當(dāng)中。