帝丹小學(xué)校慶這一天，少年偵探團(tuán)拿著阿笠博士送給大家的電影折價(jià)券一起去看電影，大家爭(zhēng)執(zhí)之后決定去看哥美拉的三部片子，沒(méi)想到今天是這家電影院最后一天營(yíng)業(yè)，柯南等人成了最后一批觀眾，就在欣賞電影之際，熒幕上卻出現(xiàn)了一個(gè)黑影，原來(lái)這個(gè)黑影就是迫使電影院關(guān)門(mén)的張?zhí)锏倪z體，在警方要以自殺確定這件案子的時(shí)候，光彥卻說(shuō)一句讓大家驚訝的話！

步美生病一人在家休息，就連有電話打進(jìn)來(lái)她也因熟睡也沒(méi)有接聽(tīng)，但過(guò)了一會(huì)兒，步美聽(tīng)到有人撬門(mén)的聲音，不禁想起了前些日子歹徒入室殺人的事情，可她還沒(méi)來(lái)得及報(bào)警，歹徒就破門(mén)而入了，她慌忙躲在床下，用少年偵探的徽章聯(lián)系柯南，因?yàn)椴荒苷f(shuō)話她就用假面超人鬧鐘聲音代替自己傳達(dá)求救訊息，可元太光彥確認(rèn)為步美在惡作劇，柯南會(huì)棄之不理還是解開(kāi)暗號(hào)呢？步美又會(huì)展開(kāi)怎樣的自救？

阿笠博士以少年偵探團(tuán)為對(duì)象進(jìn)行了一場(chǎng)尋寶之旅，舞臺(tái)就是阿笠博士的叔叔住的一個(gè)別墅，但在他叔叔過(guò)世的50年來(lái)，這棟本不該有人進(jìn)出的別墅卻發(fā)現(xiàn)有人來(lái)過(guò)的痕跡，他們還找到了一系列由月亮、星星和太陽(yáng)組成的古怪暗號(hào)，連博士事先藏好的玩具也被人用刀劃壞，這幢別墅一定暗藏玄機(jī)。

在盛夏到伊豆去做海水浴時(shí)，有一個(gè)叫道脅的男子主動(dòng)和園子搭訕，并邀請(qǐng)三人一起吃飯，期間，道脅談起了當(dāng)?shù)赜忻哪凶託⒑稚^發(fā)女生的事，就在這時(shí)，有人匆忙跑來(lái)說(shuō)有一名褐發(fā)女子在小樹(shù)林遇害。晚上，柯南三人在等待道脅接他們共進(jìn)晚餐時(shí)，園子卻遭到了不明人士的攻擊。

就在警察找不到任何線索想要以自殺結(jié)案時(shí)，柯南把在案發(fā)第一現(xiàn)場(chǎng)找到的領(lǐng)帶別針交給警方，這就推翻了自殺的說(shuō)法，但想要抓到兇手，還需要找到更加有決定性的證據(jù)。這時(shí)，柯南注意到了在案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)發(fā)現(xiàn)的繩子，他突然想到什么，就跑到旁邊的枯井，一切不出他所料，兇手就是那個(gè)人，他再次將小五郎麻醉，揭秘流傳至今的五重塔傳說(shuō)以及兇手！