暮目警官趕來寺院展開調(diào)查，就在大家一籌莫展準(zhǔn)備離開時(shí)，獨(dú)自調(diào)查的柯南從被強(qiáng)大力量打破的墻壁、切口變形的走廊木板、被丟在樹林里的角窗碎片和膠帶中洞察到了兇手的犯案手法，以及兇手就在四個(gè)修行僧當(dāng)中，他用阿笠博士給他的紐扣擴(kuò)音器道出真相，而兩年前以同樣手法殺死修行僧忠念的居然另有其人。

麗花身上有被捆綁的痕跡，柯南在調(diào)查中扭開水龍頭的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)水居然是從蓮蓬頭流出，確定了兇手之后，接下來就是找證據(jù)，柯南麻醉小五郎，借助小五郎的聲音讓三船、五條、六田、一枝脫下外套，更加確定了自己的推測(cè)，在黑暗的別墅中，柯南指出兇手，而兇手的殺人動(dòng)機(jī)則源于兩年前。

七年前載滿相當(dāng)于十億日元金子的竜神號(hào)，突然出現(xiàn)在敷島海面。以幽靈船為噱頭的村長(zhǎng)三上邀請(qǐng)小五郎來演講，而他的真正目的是拜托小五郎找到金子的所在。演講時(shí)，小五郎差點(diǎn)喪命講臺(tái)，兇手很有可能是島上的守衛(wèi)浜田，和旅行社職員上原，兩人也似乎是舊識(shí)。當(dāng)晚小五郎一路追蹤襲擊他的武士，卻被人打暈掉入了兇手的陷阱，成了殺害浜田的兇手。

小五郎帶著小蘭等人去京都參朋友的婚禮，在新干線上柯南看見了兩名可疑黑衣男子，他利用阿笠博士送他的眼鏡竊聽到了不得了的事情——這輛新干線上有炸彈并且即將爆炸，眼看黑衣人離開新干線，柯南只能憑自己找到那只裝有炸彈的黑皮箱，鎖定了炸彈所在的車廂后，柯南對(duì)車廂里的四人進(jìn)行試探，卻毫無頭緒，關(guān)鍵時(shí)刻元太的一句話提醒了他。

小五郎作為顧問加入了洋子拍戲的劇組，拍攝結(jié)束后，小蘭找男主角那智簽名時(shí)卻看到了他被攝影師安西威脅場(chǎng)景。晚上大家其樂融融的回旅館聚餐，期間妙子曾回家取東西，她的未婚夫島崎外出賣煙，回到旅館后的妙子看到外出的安西神情充滿恐懼。小蘭和洋子外出買東西的路上，發(fā)現(xiàn)了死在神社的安西，柯南再次展現(xiàn)推理頭腦，找出真兇。