柯南和步美他們一起玩捉迷藏的游戲，步美躲在一輛車的后車廂中，沒想到竟然睡著。元太一直都找不到步美，最后柯南終于用無線電和她聯(lián)絡(luò)上了步美，但步美卻在車的后備箱中發(fā)現(xiàn)了一個人頭！剛好此時有件連續(xù)綁架少女殺人事件，柯南懷疑那輛車的兩個男人就是那個事件的歹徒。為了救出步美柯南通過步美的描述利用滑板開始追蹤步美。最終柯南成功追上了步美但所謂的連續(xù)殺人犯卻是誤會一場。

小蘭的同學直子被綁架，當歹徒發(fā)現(xiàn)有警察時，便放棄交易開車沖進海里，直子再次下落不明，直子父親的秘書花井很是擔心。某日，小五郎突然接到不要在調(diào)查此事的要求，柯南察覺事有蹊蹺，暗暗潛入直子家后聽到了花井和直子爸爸的談話，原來直子的爸爸再次接到歹徒電話，但他卻不愿花五億保女兒的性命，這讓花井很生氣，柯南躲在后備箱里，跟著他們來到交易場所，見到了所謂的「歹徒」。

柯南隨小五郎參加「名偵探小五郎推理公館」電玩游戲的發(fā)布會時，碰到了游戲制作公司滿天堂的三名員工中島、上田和竹下，三人慌亂的存放行李后，趕往會場，期間，柯南偶然聽到一高大黑衣男子的通話，并從中得知此人和黑衣組織有關(guān)，可還沒能得到更多的信息，黑衣人就被炸死，一番推理后，柯南發(fā)現(xiàn)這是意料之外的殺人事件，柯南能否得到更多的關(guān)于黑衣組織的線索？

七年前載滿相當于十億日元金子的竜神號，突然出現(xiàn)在敷島海面。以幽靈船為噱頭的村長三上邀請小五郎來演講，而他的真正目的是拜托小五郎找到金子的所在。演講時，小五郎差點喪命講臺，兇手很有可能是島上的守衛(wèi)浜田，和旅行社職員上原，兩人也似乎是舊識。當晚小五郎一路追蹤襲擊他的武士，卻被人打暈掉入了兇手的陷阱，成了殺害浜田的兇手。

阿笠博士送給柯南一幅追蹤犯人眼鏡，柯南本想把發(fā)信器粘在小蘭身上，卻陰錯陽差的粘在了來偵探事務(wù)所找爸爸的雅美手表上，根據(jù)女孩提供的信息柯南在賽馬場找到了女孩的爸爸健三，事情本應(yīng)就此結(jié)束，可第二天傳來的卻是健三的死訊，擔心雅美有危險，柯南利用追蹤器找到了一個高大的男人并非雅美，從柯南另一個參與此事的偵探口中得知此事并非尋人那么簡單，深入調(diào)查過程中，又出現(xiàn)了一樁命案。