正當(dāng)少年偵探團(tuán)在西多摩郡龍神山游玩之時(shí)，突然從山上墜落一輛汽車。雖然看似事故，在柯南的提示下警方判斷這個(gè)事件不是事故而是謀殺。光彥偷偷的從事故現(xiàn)場(chǎng)拿到寫著暗語的紙條。從寫著暗號(hào)的紙片入手，光彥，步美，元太3人一起來到了暗號(hào)所指示的地點(diǎn)，在這里他們發(fā)現(xiàn)了大量被盜的車輛和先前謀殺案的兇手。

灰原這么做的目的是要叮嚀柯南坦白有風(fēng)險(xiǎn)，讓他謹(jǐn)慎考慮，并在他面前擺出三個(gè)選擇，柯南會(huì)如何抉擇？另一邊，帝丹高中園游會(huì)的當(dāng)天，話劇在體育場(chǎng)上演的時(shí)候，觀眾席竟然出現(xiàn)了謀殺案件，這時(shí)，突然出現(xiàn)了一位迷之少年，當(dāng)他摘掉隱藏身份的帽子時(shí)，在場(chǎng)的所有人都驚呆了，許久未露面的工藤新一居然會(huì)出現(xiàn)在這里，然而，和葉卻揭穿了這個(gè)家伙的真實(shí)身份。

雖然可以確定兇手就是大場(chǎng)先生，但是還有兩個(gè)疑點(diǎn)未能破解，就在新一深入調(diào)查的時(shí)候，他的身體突然一陣疼痛，藥物正在漸漸失效，他強(qiáng)忍住即將變小的身體所帶來的痛苦，堅(jiān)持將案件的真相公諸于眾，案件完美解決之后，新一又變回了柯南，再次的突然離開，他將如何向小蘭解釋？

巧遇上新出老師的三人繼續(xù)關(guān)注事態(tài)發(fā)展。在隔壁房間偷看的柯南一邊看一邊以新一的聲音聯(lián)系高木。而以日落前為約定的誓言之吻讓大家更替高木擔(dān)心。在柯南的幫助下，高木推理出了犯人。但在追捕犯人之后，日落也就在眼前了。垂頭喪氣的高木欲放棄但最終決定堅(jiān)持下去。時(shí)間到，佐藤警官遵守預(yù)定但關(guān)鍵時(shí)刻，“高木”警官竟然出現(xiàn)了？

小五郎等人乘坐BONNET公交車，來到一個(gè)叫“影秋村”的地方，中途上同車的村民奧村喝了自己帶的茶后死亡了。小五郎和柯南自動(dòng)在“影秋村”展開搜查。村民們就是否交給警察調(diào)查與警方發(fā)生了沖突。原來村民就是否將卡扭車作為觀光車分成了兩派而奧村作為反對(duì)派的代表同村長(zhǎng)為代表的贊成派一直有沖突。此時(shí)村長(zhǎng)船木出現(xiàn)并提出委托費(fèi)為100萬日元的委托。之后柯南得知村子里7年前的事故。夜晚在尾隨塔子的柯南卻聽到為了找他而進(jìn)入神社的蘭的尖叫聲！？