小蘭、園子和世良三人在上學途中發現了路旁的遺體，遺體的旁邊留下了用血寫下的“死”字，這就和十年前工藤優作唯一沒有揭穿犯人的事件幾乎一樣，為了調查這兩期案件的共同點，他們打電話給高木警官，但參與十年前案件的目暮警官看過遺體后卻以竊盜事件定性，回憶著十年前的一幕幕柯南依舊沒有明白自己父親的用意。

裝滿水果的寶箱（前篇）

毛利一家和柯南想要去的餐館正在施工，很多以前的建筑都被重建或者改造，正當毛利感嘆的時候工地里傳來了很大的聲音。建筑器材的散落發生了命案，被壓在鋼管底下的是朱古先生，而捆綁鋼材的帶子上有被割過的痕跡。最有可能作案的便是在場的三人，而這三個人都有作案動機，在檢查了命案現場后柯南有了線索。

巧克力甜點師辻元先生在世界大賽上獲獎的巧克力讓小蘭和園子非常期待，而辻元和他的美女店鋪設計師真悠子小姐的浪漫愛情也讓很多人憧憬。鈴木財團的協助讓辻元的店鋪將在明天開業，而園子和小蘭則是這個店鋪的第一組客人，在辻元展示自己獲獎的作品時發生了意外，這并不是一起普通的事故，柯南已經看出被烈焰所包裹的巧克力背后的隱情。

園子中學時的好友矢內小姐拜托小五郎幫她重新調查姐姐的自殺案件，而她也是這次事件的目擊者之一。被警方認定為自殺案件的這起事件還存在著很多疑點，事發當天正在商量明年創立祭的矢內小姐和顧問児玉老師看到了受害人在模型社里自殺的一幕，第一個趕到現場的是受害人的未婚夫柴垣老師，而柯南在還原現場時看出了端倪。