柯南，小蘭與小五郎向著溫泉的途中，在遭苛政君主殺害的戰國武將沖滑秀友的墓前祭祀時。正巧結識了住在這里的一戶人家。還聽說了關于秀友鎧甲的詛咒的傳聞。接著那天夜里。也正是秀友500年祭日的那晚，還知道了當天也是這家人家中的父親因工廠倒閉即而自殺，即這個鎧甲原來的主人的祭日。

少年偵探隊本來是跟著阿笠博士一起出來露營，沒想到居然在森林中發現了一個鐘乳石洞穴，柯南四人立刻進洞探險，卻在這里碰到了一伙兒搬運尸體的歹徒，而柯南為了掩護大家逃跑中彈受傷，之后，便血流不止，元太背著柯南尋找出口，可身后的歹徒也循著聲音疾步追來，失去了柯南的指引，少年偵探團剩下的三人會采取什么樣的行動？

小五郎帶著小蘭和柯南來到“黃昏別館”，途中還偶遇了同是偵探的千間降代，當他們到達之后才發現，此次受邀前來的茂木遙史、大上祝善、槍田郁美和白馬探都是名偵探，而在這棟別墅內隨處可見陳年的血跡。在晚宴上，本以為能一睹這位別墅主人尊容的各位偵探卻掃興的發現，他居然頭戴面罩，并且還阻斷了所有道路，要求偵探們在這棟孤立無援的別墅內幫他尋找寶藏。

金澤氏由于被迷樣的狙擊者所威脅，委托小五郎調查。小五郎等人到了建筑師金澤氏的別墅。大家在巴比0時突然聽到槍聲，循聲去看時金澤氏已經被殺害。毛利和警官發現了兇手殺人的機關推測犯人可能是外部人員但在柯南的調查下發現了兇手就是在島上的內部人員。在罪證面前兇手最終承認了罪行同時道出了因為金澤偷盜自己設計而最終走上不歸路的事情。

柯南等也到同一個餐廳吃飯，聽說與這幾個漁夫相約的人在海邊溺死了。伊豆海邊發生了殺人事件。柯南已經確認了犯人的真實身份并利用因為泡到海水里無法確定死亡時間這個baga套出了犯人的話，面對現實，犯人最終承認了自己的罪行。因為殺死了自己的父親而懷恨在心，最終痛下殺手。但自己的這番行為卻得不到同伴的贊同發怒的兇手最終在小蘭的話語中認識到自己的錯誤。