小蘭的母親妃英理在自己的事務所突然被人綁架，但她趁綁匪不注意躲進了廢棄的大樓內，并用搶來的手機向小蘭求救，雖然遭到了綁匪的干擾但柯南還是分辨出來了妃英理所發的信息內容，從中獲得了一些線索后柯南帶領小蘭和小五郎立刻展開救援，但被綁架的地點可能有兩處，柯南能在危急時刻找到正確的位置嗎？

和柯南推測的一樣，17年前殺害羽田浩司的兇手就是那個從現場消失的名叫淺香的保鏢，其真實身份是黑暗組織的二把手朗姆，除了這些從羽田的死亡訊息中得到的線索外柯南一籌莫展。就在柯南思索的時候聽到了電視臺打給毛利小五郎的電話，號稱靈魂偵探的堀田打算破解羽田浩司的案件，但當柯南和小五郎趕到指定賓館時又一起兇殺案發生了。

米小圈的班級成功被當選為文化交流班，這意味著一群藍眼睛黃頭發的卷毛將要和米小圈所在的同學相處幾天，同學們第一次接觸外國小朋友，都是滿滿的好奇心。課間十分鐘，同學們便在操場上做才藝展示，外國友人給鐵頭他們展現了剛剛學到的中國武術拳法，鐵頭看得津津有味。該中國小朋友上場了，鐵頭給他們表演了太極拳，太極柔中有剛，出神入化，藍眼睛們也看得入了迷。這次國際交流，不僅僅讓同學們大開眼界，連肌肉老師也非常好奇，來學校的體育老師是個金發碧眼又高挑性感的女性，肌肉老師看到她在拿體育器材，立刻上前幫忙，誰知卻不小心將外籍友人的裙子給刮破了，他非常緊張，立刻將自己的外套脫下來給金頭發，但是對方毫不在意，直接將裙子順勢扯成另外的款式，原來他們在裙子里也有穿內襯，根本不打緊，金頭發將裙子的布片做成絲帶綁在頭上，肌肉老師既佩服又欣賞。按照教材大綱的要求，肌肉老師將調高的桿子放在了標準高度，但是金頭發根本沒有在乎教材的標準，直接提到最高，肌肉老師看到金頭發很颯爽地跳過去，他炫耀著一陣緊實的肌肉正要大顯身手，忽然被跳桿給絆倒了，眾目睽睽下輸給了外國友人，竟然還是個女同志，肌肉老師非常難為情，強忍眼淚跑回到辦公室。阿爾

柯南和平次傳來歷史學家的死訊，眾人陷入恐慌，并認為是怪物鵺在作怪。平次吩咐大家各自回房不要出門，考古學家主動要求與小蘭交換房間。眾人回房后，柯南與平次在院子里和村長詢問細節，院子卻突然再次著火，與此同時樓上的考古學家似被不明物體擊中，慘叫一聲后倒在房內，待柯南等人趕到時已經喪命。經過一番調查和推理，柯南和平次似乎有些眉目，而那只被大家遺忘在家中的狗突然引起了二人的注意。

夜晚園子心血來潮帶著小蘭和柯南來公園里觀賞銀河，不料卻在花壇里發現了一起行兇案。園子透過望遠鏡看到了一雙女子的手，她手上的戒指正在被兇手摘下，園子過于震驚沒有看到兇手的長相。之后園子大概確定了行兇案的方向，帶著小蘭和柯南組成女高中生偵探團去破解這樁行兇案。