步美發(fā)現(xiàn)圖書(shū)館的書(shū)被人撕掉了一頁(yè)，氣憤的她決定找出“元兇”，根據(jù)借書(shū)卡的記載，柯南和步美找到了內(nèi)藤司，可他今天卻沒(méi)上課，與此同時(shí)，學(xué)校的巖石標(biāo)本也人被偷偷走，柯南認(rèn)為這可能是司所為，于是找到了他家，在查看了司的房間后，他們發(fā)現(xiàn)了一張寫(xiě)有暗號(hào)的字條，少年偵探團(tuán)集結(jié)智慧，終于在大濱海灘找到了想要喚回逝去母親的司。

服部、和葉來(lái)到東京與柯南他們賞櫻的時(shí)候，一名來(lái)自升岳寺的小和尚突然找到小五郎拜托他調(diào)查一件古怪的事情，他說(shuō)幾天前寺里來(lái)的一個(gè)女施主腹部刺傷血流遍地的倒在別館里，但當(dāng)他叫師父和警察來(lái)時(shí)，屋內(nèi)卻空空如也。于是，柯南，服部等人一同前往調(diào)查，除了在屋內(nèi)發(fā)現(xiàn)耳環(huán)固定夾再?zèng)]有別的線索，就在他們離開(kāi)之前小和尚傳久說(shuō)屋里又有女尸，待柯南趕到時(shí)，卻什么也沒(méi)有，難道這都是傳久的幻覺(jué)？

柯南回家后小蘭就告訴他，自從放寒假瑛祐就失去了聯(lián)系，而在此之前小蘭從他那里聽(tīng)說(shuō)，他好像在杯戶中央醫(yī)院找姐姐的時(shí)候發(fā)現(xiàn)了關(guān)于自己父親線索，柯南急忙找到茱蒂老師商量對(duì)策，并推斷出他的父親就是被黑暗組織殺掉的CIA諜報(bào)人員，隨后，柯南一行人趕到醫(yī)院向護(hù)士詢問(wèn)英祐的事情，沒(méi)想到竟然還有另一個(gè)人像英祐一樣在這家醫(yī)院打聽(tīng)水無(wú)憐奈的事情。

佐藤警官在分別對(duì)三個(gè)嫌疑人秘書(shū)穴吹晴榮、撰稿人出島覺(jué)治和攝影師垂水進(jìn)行偵訊之后，并未發(fā)現(xiàn)有何異樣，就在柯南絞盡腦汁破解密室手法之時(shí)，高木警官一句無(wú)意的話提醒了他，可是因?yàn)樽籼倬僭趫?chǎng)柯南不便麻醉小五郎，他只能暗中提示，所幸大家在他有意識(shí)的引導(dǎo)下，解開(kāi)了真相。雖然案件解決，但佐藤警官的戒指之謎還有待高木破解。

小蘭和柯南在毛利小五郎的錢(qián)包里，發(fā)現(xiàn)里面有5萬(wàn)日元的項(xiàng)鏈?zhǔn)論?jù)，那好像是要送給十月十日小蘭的媽媽妃英里的生日禮物，小蘭得知這件事以后發(fā)揮驚人的手氣抽到飯店住宿卷，他們一起來(lái)到海兵飯店，享受一頓豪華的晚餐，但是小五郎絲毫沒(méi)有要送出禮物的意思，喝的爛醉后睡著了，于是妃律師一氣之下回到自己的房間，小蘭想在生日結(jié)束前讓小五郎送出禮物，當(dāng)我們進(jìn)入房間時(shí)，發(fā)現(xiàn)了尸體，那是受到跟蹤狂騷擾的國(guó)芬秋穗女士，而且妃律師回到房間時(shí)斌沒(méi)有看到尸體，是在她洗澡后不知道從什么地方冒出來(lái)的，應(yīng)該是兇手移動(dòng)了床的位置并跟尸體藏在床的下面，于是他們和橫溝警官一起對(duì)住在這所飯店的跟秋穗女士有關(guān)系的人詢問(wèn)當(dāng)時(shí)的情況。