在警方介入調(diào)查奈奈美母親的墜亡事件時(shí)，少年偵探團(tuán)的孩子們卻不見(jiàn)了蹤影，而現(xiàn)代當(dāng)家的助手長(zhǎng)瀨先生也不見(jiàn)了?？履系热嗽谏衩氐陌岛谥杏龅搅烁魇礁鳂拥臋C(jī)關(guān)，在塔內(nèi)他們還遭到了神秘人物的追趕，當(dāng)柯南反應(yīng)過(guò)來(lái)時(shí)身邊的伙伴們都消失不見(jiàn)，獨(dú)自尋找同伴的他想起了奈奈美的哥哥所說(shuō)的話語(yǔ)，暗黑之塔寶藏的秘密即將揭曉。

因?yàn)樾√m不在家，柯南和小五郎決定去杯戶町的一家拉面館吃飯，雖然這家飯館標(biāo)榜的是美味的要死的拉面，但店面卻相當(dāng)破舊，隨后，想要在這條商業(yè)街炒地皮的奸商西津也來(lái)到這里并與老板小倉(cāng)、店員彩代以及隔壁理發(fā)店長(zhǎng)谷中發(fā)生了激烈爭(zhēng)吵，使這里的氣氛變得一團(tuán)糟，唯一值得安慰的是端出的拉面果真是絕頂美味，然而，西津卻在吃完拉面后倒地身亡，是意外還是謀殺？

從純夏女士的電話留言和宅司的表情中柯南看出了這并非是正當(dāng)防衛(wèi)，而是宅司利用自己太太的習(xí)慣策劃的謀殺，他的所作所為會(huì)讓夫妻之間走到盡頭。得知妻子沒(méi)有生命危險(xiǎn)的宅司從安心到負(fù)罪感到恐懼的變化驗(yàn)證的柯南的推理，他與灰原在阻止了宅司自殺后解除了夫妻倆的誤會(huì)，知道真相的宅司陷入了無(wú)盡的悔恨之中。

警方、柯南以及公車上遇到過(guò)的偵探世良真純一起進(jìn)入別館進(jìn)行調(diào)查，他們?cè)诙前l(fā)現(xiàn)了帶有釣魚(yú)線的電動(dòng)輪椅，在死者墜落的六樓發(fā)現(xiàn)了窗戶下方的油漆和油桶，加之別館使用的是前后各有一扇門(mén)的電梯，將這些線索全部串聯(lián)起來(lái)之后，柯南發(fā)現(xiàn)兇手就是那個(gè)人！世良先柯南一步破解案件并場(chǎng)景重新，然而結(jié)果卻并非大家所期待的那樣，人偶并沒(méi)有墜樓，到底是哪里出現(xiàn)了錯(cuò)誤？

小蘭、園子和世良三人在上學(xué)途中發(fā)現(xiàn)了路旁的遺體，遺體的旁邊留下了用血寫(xiě)下的“死”字，這就和十年前工藤優(yōu)作唯一沒(méi)有揭穿犯人的事件幾乎一樣，為了調(diào)查這兩期案件的共同點(diǎn)，他們打電話給高木警官，但參與十年前案件的目暮警官看過(guò)遺體后卻以竊盜事件定性，回憶著十年前的一幕幕柯南依舊沒(méi)有明白自己父親的用意。