懷疑小蘭的高中英語教師朱蒂是黑衣組織的成員而拜訪公寓的服部平次與柯南，遇上朱蒂隔壁房間的主人高井墜樓摔死的案件。確信密室狀態(tài)的臥室從窗戶墜落的高井不是自殺而是他殺的兩人，在臥室調(diào)查中的平次接到和葉從大版打來的電話而明白犯罪手段的平次加上高井留下的證據(jù)。兩人向目暮警官建議在臥室重現(xiàn)案發(fā)。

在電梯邊被殺的中條寫下暗號『○×△』。還有一個文字是在殺害現(xiàn)場的電梯踏板邊的『□』。柯南從英語老師朱蒂的話中得到啟發(fā)，在調(diào)查死者的工作場所之后發(fā)現(xiàn)碎紙機的存在從而推理出死亡信息的真實意義。原來死亡信息很像是文字的部分，像記號般的文字。而在對照目暮警官拿著嫌疑犯的名單之后很快找到了兇手！

柯南和阿笠博士帶著發(fā)著高燒的哀去了在東都百貨里的醫(yī)療室。在那里的地下停車場里柯南認識了四輛保時捷的主人們。四人同乘了一輛車來打高爾夫球，但是其中一個人喝得爛醉，于是其余的人就把他留下去了進了百貨商店。不久卻發(fā)現(xiàn)了醉酒男人被勒死的尸體。而柯南也因為偶遇電視采訪而陷入暴露身份的危機之中。

少年偵探隊為幫白鳥警官報仇，堅持留下來和警察一起進行破案，根據(jù)歹徒留下來的警告信，警方認為炸彈就安在紅色的電車上，可是費盡力氣找到的全都是用來混淆視聽的假炸彈，如果找不到炸彈,住在東京區(qū)的1200萬居民都將成為人質(zhì)，柯南再次仔細琢磨這封警告信，發(fā)現(xiàn)歹徒所指的地方就是東都塔，并且那里也已經(jīng)發(fā)生了一次小型爆炸。高木警官和柯南沖入東都塔，成功將困在電梯的女孩解救，但他們兩人就沒有那么幸運了，柯南發(fā)現(xiàn)裝在炸彈上的水銀汞柱已經(jīng)啟動！

警方對鱒渕進行偵訊，而當時他卻并沒有不在場證明并且之前他曾與船木發(fā)生過爭吵，所以警方認定他就是兇手。另一邊，少年偵探隊也展開了調(diào)查，柯南注意到來往這里火車，認為發(fā)現(xiàn)尸體的地方并不是案發(fā)的第一現(xiàn)場，于是大家順著軌道，找到了船木的照相機，并且從附近警衛(wèi)的口中得知鲇川也曾來過大橋，可是，如果兇手真的是她，那她殺害船木的動機以及她的手法到底是什么？